一八五九年，達爾文在《物種起源》中根據自己觀察到的物種間相似性的一些零散的事例，融合前人富有啟發性的思想，提出了進化的觀點，認為今天複雜的生物界是從簡單的原始生物一步一步地進化來的。
這一觀點在當時是非常新奇，非常大膽，具有強大的吸引力的，因為它對於當時的整個科學界和人類的思維能力都是一個激動人心的挑戰，並且給予那些正在躍躍欲試、尋找著突破傳統思想路徑的科學家一個廣闊的用武之地。
無法走完的第三步
觀察、假設、驗證的「三步曲」，至今還是實證科學的科學家發現自然規律和抽象科學定理所奉行的準繩。達爾文在《物種起源》中成功地走完了前兩步；進化論這一最具誘惑力的假說，至今仍然是一批科學家醞釀科學美夢的溫床。
為了回答達爾文當時不可能回答而又自始至終都有人提出的問題：複雜的生物來自原始生物，原始生物又從何而來？追隨達爾文的現代科學家把生命的起源推回到了迄今最本源的一步：氨基酸分子。而氨基酸分子，他們說，又來自雷電和海浪「偶然」的相遇。這樣不但進一步圓滿了進化論的「進化」過程，使其具有更加豐滿的科學形象，而且把它藏入了「偶然」這一個迄今為止最神祕、最能迴避致命攻擊的保險箱中。
達爾文自己沒有，也決不可能親自走完「三步曲」中的最後一步。他把希望寄託在隨著時間推移而越來越多的考古發現上面，盼著有一天生物學中各個物種的化石會豐富到如此的程度，以至於每一個人都能根據這些化石，毫不猶豫地點頭認可，進化論是揭示了自然界生物的真實面目的科學理論。
但他沒有料到，這最後一步是如此之難：差不多一個半世紀以後的今天，已有的化石不但遠遠不能把進化論推上科學理論的寶座，而且其中越來越多「不受歡迎的」化石又在拚命地拖著進化論往下沉。
「不受歡迎的」證據
比較解剖學和胚胎學本來是進化論最得力的開路先鋒，然而隨著科技的發展，觀察的細化，人們發現比較解剖學被用來支持進化論是個邏輯錯誤；早期支持進化論最有力的胚胎重演律被發現源自於觀察錯誤。
用來圓滿進化論的分子生物學在幫了進化論一把後，卻又不斷地產生出讓進化論尷尬難堪的新結果來，不但現在成了進化論前進途中的一大路障，而且越來越威脅著進化論的生存。數學，本來和進化論毫無瓜葛，如今甚至親自伸出概率論的鐵手，要把進化論從「偶然」的保險箱中抓出來，使進化論在邏輯上變得更加脆弱。
從當前各學科的發展趨勢和進化輪自身的局限來看，進化輪不可能走完這三步曲中的最後一步。它或許將以一個假說的身份永載史冊。
「魔王的聖經」
進化論提出的年代，是西方社會靠武力積極擴張以尋求海外市場，物質實力正開始取代道德成為人們追求的目標的時期。同時宗教經歷了中世紀已經開始走向沒落，人們逐漸對古老的信仰失去信心。
或是為了生存，或是為了享受，人類前所未有的殘酷競爭成為社會的現實。適者生存的思想無疑是迎合了當時的社會心態的。達爾文曾把自己的學說稱為「魔王的聖經」。雖然這是針對基督教而言，但從進化論產生迄今的一百多年歷史來看，這個名稱是恰如其份的。
達爾文的疑惑
在達爾文發表《物種起源》之時，他對自己理論的疑惑可以從一個牽強的例子中透露出來。在《物種起源》的第一版中，達爾文用了一個大膽的設想，認為一種熊可以下到水中，變成水生動物，最後變成像鯨那樣巨大的生物。所以他講，只要有足夠的時間，通過自然選擇，熊也可以變成鯨。
在以後的修訂版中，達爾文把這個說法去掉了。但有趣的是，他的這個熊能通過自然選擇變成鯨的觀點，正是整個進化論的中心點：一個物種可以變成另一個物種。
人云亦云，誤把假說當理論
嚴格地講，進化論只是解釋生物現象的一種假說。從上面鯨魚進化的例子，大家可以看出，達爾文在歸納已有的實例，形成自己的假說時，攙進了自己非常大膽的猜想。
無論是猜想還是當時已有的實例，是根本不可能用作嚴謹的科學證明而把進化論推上理論高度的。達爾文自己也只是希望將來能發現更多、更確鑿的證據。
但後來的一些學者，出於對這一假設的喜愛和急於把它提上理論高度的熱切願望，便有意無意地把它當作理論來宣傳了。更有甚者，還有「科學家」心急如焚，挖空心思地造了物證，畫了圖形，著文「證明」進化論的真確。當事情敗露，問到其動機何在時，其回答倒是一點都沒攙假的：我太喜歡進化論了，所以希望它是真的。
這種製造物證的「科學家」只是極端的和個別的，但其心態卻是普遍的。在這種著急上火的心態驅使下，寫書著文便很難作到冷靜和客觀了。情緒化和理想化的傳播越來越廣泛，以後的人也就人云亦云，漸漸地把假說當成了真理。「人云亦云」是最普遍的社會現象之一；唯其「最普遍」，無論一般人還是科學家，能逃其制約者，可謂少之又少。
進化論陷入重重危機
接受一個假說的人再多，也不能使這個假說上升為真理。真理需要確鑿的證據和無可辯駁的嚴密推理，這正是進化論所缺乏的。達爾文一句「化石記錄不完全」掩蓋了問題的實質。隨著科學各個學科的迅速發展，進化論暴露的問題越來越多，越來越大。在大量事實和嚴格的推理面前，進化論陷入了重重危機。
多年來，進化論的研究一直都是門外人難以深入涉足的。許多專業的術語和複雜的生命結構，都搞亂了專業學者的思路，何況其他領域的人？這就使得對生命演化的研究成了進化論者的「專利」。也就是說，進化論者代替公眾在思考，甚至代替其他領域的科學家在決定真理。真的「隔行如隔山」嗎？其實並非如此。
我們知道，科學的研究方法之一就是簡化複雜的問題，用簡明的語言把複雜的現象解釋清楚，而不是越弄越混亂。對任何問題，如果陷在其中，必然被枝節的思路纏繞不清，在細節上就事論事；一旦看清了全局和根本問題之所在，自然不會迷在問題當中，也就能提綱挈領、通俗簡明地把問題講清楚。進化論並非艱深的數學和物理推論，主要是合乎邏輯地思考問題，因此是人人都能懂的東西。因此，只要提供一些確鑿的事實，每個人也都有能力做出公正的論斷。◇