清教徒認為，他們的宗教是唯一純正的宗教，所有人都應該成為信徒。他們同時主張，教會領袖應該擔任地方官員，殖民地的所有人都應該出錢支持教會。他們覺得，政府官員的職責之一就是要告訴民眾應該信仰甚麼。不過，也有人不認同這些成為殖民地領袖的清教徒的意見，羅傑·威廉姆斯牧師就是其中之一。

跟所有清教徒一樣，羅傑·威廉姆斯也認為其他歐洲宗教都是錯誤的，印第安土著居民的信仰也是錯誤的，但是他不同意強迫他人接受自己的看法，認為以基督教的名義去懲罰或殺人是罪孽，認為只有教會成員才有義務出錢支持教會。
羅傑·威廉姆斯通過演說和發表文章來宣揚自己的理念。他著書指出，因為信仰不同而懲罰別人是錯誤的。他還提出，歐洲定居者是在盜取印第安人的土地，英國國王沒有權力把屬於印第安人的土地劃撥給臣民，讓他們在那裏定居。

在麻薩諸塞灣殖民地清教徒領袖的逼迫下，羅傑·威廉姆斯1636年離開麻薩諸塞南下。他從當地印第安人手中買下一片土地，建立了一個叫普羅維登斯的新城市。英國議會授權他以普羅維登斯為首府，創辦一個新殖民地--羅德島，這個殖民地接納各種宗教信仰的人，包括天主教、貴格會教徒、猶太人，甚至是無神論者。

羅傑·威廉姆斯還相信政教分離，這種新觀念日後逐漸發展成了美國最重要的治國理念之一。

很多人為了土地，離開麻薩諸塞，建立了其他殖民地，康涅迪格就是其中之一。一些人在清教徒牧師托馬斯·胡克的帶領下於1636年離開波士頓向西走，在靠近康涅迪格河的地方定居下來。另外一些人在麻薩諸塞以北建立了家園。英國國王把北面的一大片土地賜給兩個好友。梅森建立了後來的新罕布什爾殖民地，戈吉斯建立了後來的緬因，但緬因始終沒有發展成為獨立的殖民地，仍舊是麻薩諸塞的一部份，直到美國建國為止。

荷蘭殖民者定居在今天的美國紐約州一帶，他們把那裏稱為新荷蘭。當時荷蘭實力雄厚，在世界上很多地方都建立了殖民地，大部份殖民地都歸“荷蘭西印度公司”所有。荷蘭人在北美大陸上佔據的土地要歸功於英國探險家亨利·哈得孫。

荷蘭領地位於北部清教徒和南部聖公會煙草種植者之間。荷蘭人並不想在這片土地上定居，他們只想賺錢。荷蘭西印度公司沿水路建立了很多交易站，並於1626年從當地印第安人手裡買下了兩個島嶼，也就是今天的曼哈頓島和長島。據說，這兩個島是用價值大約24美元的東西換來的。荷蘭西印度公司希望找人在島上定居，但是荷蘭人都不願意離開歐洲，荷蘭殖民地因此向其他國家和其他殖民地的人開放。他們在曼哈頓島上建立了一個小鎮，叫新阿姆斯特丹。很快，這裡就擠滿了從很遠的地方坐船來的人，據說當時在新阿姆斯特丹能聽到18種不同的語言。1655年，新荷蘭殖民地的總督佔領了附近德拉瓦灣的一個瑞典殖民地。1664年，新阿姆斯特丹又被英國人佔領，改稱紐約，從此結束了荷蘭對目前紐約、新澤西和德拉瓦一帶的殖民控制。

不過，英國人允許原來的殖民者留下，讓他們享受宗教自由，所以大部份荷蘭人都沒有離開。這片殖民地當時歸約克伯爵所有，他是英國國王查爾斯二世的兄弟。查爾斯二世還把紐約附近的土地賜給了兩個好友，卡特雷特爵士和伯克利勳爵。他們稱其為新澤西。新澤西是英國的一個島嶼，是卡特雷特爵士出生的地方。卡特雷特爵士和伯克利勳爵制定了一份治理新澤西的政府規劃，建立了一個定居者代表會議，保證宗教自由，而且不論宗教信仰，男性一律享有投票權。沒過多久，新澤西殖民地就住滿了歐洲各地的移民。查爾斯國王后來接管了這片地區，派皇家總督統治，但是當地的殖民者可以通過代表會議自行立法。英國國王對他的所有殖民地都做出了類似的安排，要求殖民者納稅，但允許他們自治。

貴格會教徒在英國十分受排斥。他們自稱教友派，相信每個人心裏都有一束燈光，指引他們走近上帝。他們認為，沒有必要由宗教領袖來告訴大家什麼才是正確的，所以貴格派沒有牧師。貴格派教徒相信人生來平等，拒絕承認英國國王高人一等，拒絕納稅支持聖公會。他們認為，在任何情況下殺人都是不對的，所以即使被迫入伍，也不會使用武力。他們還拒絕向國王、政府、國旗，或是除了上帝外的任何人或物宣誓效忠。鑒於上述種種原因，英國人不喜歡貴格派。很多貴格派教徒希望離開英國，但是很多美洲殖民地都不歡迎他們。一個名叫威廉·潘的貴格派教徒改變了這一切。

威廉·潘的父親是查爾斯國王的好朋友，是聖公會信徒，但是威廉·潘長大後皈依了貴格派。查爾斯國王曾經向威廉·潘的父親借錢。父親死後，威廉·潘要求國王用美洲大陸的土地還債。查爾斯國王於是把賓夕法尼亞賜給了威廉·潘，貴格派教徒因此有了自己的殖民地。這片殖民地夾在北面的清教徒和南面的聖公會信徒之間。威廉·潘說，賓夕法尼亞的每個人都要按照貴格派教徒的信仰生活，這就意味著平等對待所有人，尊重所有宗教信仰。在其他殖民地裡，人們雖然享受宗教信仰的自由，但是只有多數教會的成員才能投票或是當選公職，而在賓夕法尼亞，所有宗教一律平等，所有教派的人都能出任政府官員。