富蘭克林一行到了伯利恆，發現那裡的防務井然有序。是納登赫廷的毀滅警告了這個愛好和平的教派的居民。鎮上的主要房屋都用柵欄圍護起來，室內的窗戶與窗戶之間堆放了許多鋪路石，以備婦女用它們打退企圖侵入房屋的敵人。他們還從紐約買回來槍支彈藥以便自衛。由於伯利恆的防務情況良好，富蘭克林一行人在那裡只過了一夜便向伊斯頓去了。
　　
同伯利恆相比，伊斯頓一片混亂：食物儲備已經耗盡，人們已準備放棄這裡逃往費城。富蘭克林當即著手組織城防。他在主要街道的兩端設下崗哨，派出一支巡邏隊繞城巡視，注意印第安人的動靜，清除城鎮周圍的灌木叢，並安排通訊員定期到最偏遠的農場去進行聯絡。同時，他和其他的巡察官員一道徵集了兩百名自衛隊員。
　　
10天後，他們離開伊斯頓前往裡丁，到達那裡時已是1756年元旦的下午。賓州州長莫里斯正在那裡等他們共商同保持友好立場的印第安人簽訂條約以及防務措施的問題，然後同返費城。
　　
然而，元月3日，一名通訊員來告知說，設防不久的納登赫廷在元旦那天遭到印第安人襲擊，守軍中未戰死者都被驅除。邊防線上最薄弱也是最重要的一點又一次暴露在敵方的攻擊面前。正在會談的州長及巡察官們決定懸賞40西班牙元收買戰死的印第安人的頭皮。同時，決定派一名巡視官返回納登赫廷重建那裡的堡壘。富蘭克林被選中了去執行這一危險而艱巨的任務。元月6日臨行前，富蘭克林從州長莫里斯被授予在諾桑普敦施行行政管理，分發軍火，任免自衛隊軍官的全權。
　　
這並非出自州長的本意。他在紐約和麻薩諸塞、紐澤西的州長舉行商談，回到費城後，發現費城國民自衛隊已選舉了富蘭克林為指揮官。這不是個令人愉快的消息：富蘭克林是議會同業主勢力作鬥爭的核心人物。州長和州參事會在批准選舉結果時遲疑不決，一味拖延。直到國民自衛隊在州長家的門前舉行了一次遊行，才使他同意認可了那一選擇。
　　
富蘭克林在伯利恆逗留了一個星期，一邊安撫民心，一邊徵召民兵前往納登赫廷，並派出部隊守衛位於山區的城鎮。元月15日他在給妻子的信中說他們即將出發，「我們一起有130個人，一定要小心行事，不讓我們的疏忽大意給敵人以可乘之機」。
　　
元月15日，富蘭克林率領著他的人馬，包括士兵，一隊熟練的伐木工人，邊區農民，7輛大車各配置了6匹馬，一名醫生和一名隨軍牧師。在向納登赫廷行進途中，隊伍的兩翼都派出了偵察兵在山林中搜索前進，以防敵人的襲擊。富蘭克林在艱苦行軍的途中度過了他的50歲生日。
　　
18日，他們抵達了納登赫廷，那天是星期日。到星期五，他們的堡壘完工了。堡壘由新砍伐的木頭一根接一根、牢固地栽在地裡，地面部分高達4 米，形成一堵高牆，牆的內側搭有2米高的木板踏腳，供守軍士兵站在上面從牆上的槍眼向外射擊。整個堡壘長8米，寬17米。防禦沒有火炮的印第安人，這樣簡陋卻也堅實的堡壘足夠了。到第二個星期日，他們升旗鳴槍，用州首席法官的名字將這堡壘命名為「艾倫堡」。那天，富蘭克林寫信告訴妻子說：「我們一天比一天過得舒適些了」。當時，富蘭克林和他手下的軍官們總算可以睡在木堡內的地板上了。後來他在信中告訴妻子：「我想給你寫封長信，可這裡進來了一些人，從各個不同地方來的。他們有事找我而打斷了我。我們只有一個房間，什麼都相當公開。」已經習慣過舒適生活的富蘭克林在邊防線上的艱苦環境中卻一直保持了愉快而幽默的心情。
　　
後來，他們又築起了兩座木堡：艾倫堡以東15英里處的諾利斯（州議會議長的名字）堡和以東同樣距離處的富蘭克林堡。在此期間，富蘭克林已在諾桑普敦縣組織了13個聯隊共計500人左右的國民自衛隊，分佈在從納登赫廷到伊斯頓之間的防線上，並解決了這支軍隊的裝備、供給和相互聯絡等問題。由於仍然不斷的敵方偷襲而出現的難民也得到了安置。他還親自率偵察隊往周圍地區的樹林中搜索印第安人，雖然沒有找到印第安人的蹤影，卻使印第安人看到了他們升起的營火，加之已知道白人在這一帶建了堡壘，派駐了守軍，於是，印第安人一時不太敢於出山襲擊了。
　　
2月1日，議會開會的通知到了，開會日期是2月3日。
　　
佛蘭克林帶兒子立即上路，在2月5日夜裏趕回了費城。在議會開會期間，費城國民自衛隊2月24日正式選舉了佛蘭克林為指揮官，得到州長的批准。在佛蘭克林第一次檢閱了費城自衛隊後，官兵們伴隨他回家，並一定要在他家門前鳴炮致意。結果，炮聲將佛蘭克林實驗室裏電學儀器上的幾塊玻璃震掉摔碎了。另一個結果是這炮聲引起了賓州業主湯瑪斯•賓的忌恨，他指責佛蘭克林是要倚仗手中這支軍隊攫取賓夕法尼亞的政權，並請求英國郵政大臣免除佛蘭克林北美殖民地郵政總代理的職務，被委婉地拒絕了。
　　
就在湯瑪斯•賓在英國得到關於此事的報告，並極盡其能事，在內閣控告攻訐佛蘭克林時，佛蘭克林已經在佛吉尼亞的威廉堡了，“快樂得像一隻鳥 ”（他3月30日給妻子的信）。4月2日，他被威廉和瑪麗學院授予榮譽學位。5月，他回到賓州議會開會。6月，他帶了一份請願書到紐約交給行將卸去赴美英軍司令之職的前州長謝利，謝利不久要動身去英國。他的赴美英軍司令之職將由7月赴美的勞頓勳爵繼任。後來佛蘭克林同勞頓勳爵見過幾面，但他並沒有真正地陷入到軍務中去。
　　
當佛蘭克林返回費城時，賓州議會和州長、業主的鬥爭正在激烈進行。業主和州長這次想把佛蘭克林爭取到他們的營壘中來。州長莫里斯提議由佛蘭克林以將軍銜領兵前去奪取杜奎恩堡，但佛蘭克林看出了他們的用意，因而並不熱心。不久，莫里斯便去職了。8月，繼任的州長丹尼上尉從英格蘭為佛蘭克林帶回了皇家學會1753年授予他的金質獎章。在費城為丹尼舉行的招待會上，丹尼把獎章交給了佛蘭克林，並作了表達敬意的致辭。飯後，宴席上的人們還在喝酒，丹尼把佛蘭克林拉到一間空房裏，大談對佛蘭克林的好感，然後話題便轉到了議會業主之爭上來。丹尼極力證明業主對於賓夕法尼亞懷有良好的意圖，希望佛蘭克林從中斡旋，使議會放棄對業主的各項措施的抵制，使業主和他的臣民言歸於好，會有利於賓州的政務，佛蘭克林本人也會得到業主的酬謝和報答。
　　
佛蘭克林對此的答復是，“感謝上帝我的經濟情況很好，我不需要業主給我任何恩惠；同時，作為一個議員，我也無法接受業主的任何賞賜”。他也說道：“我和業主之間並無個人的嫌隙，任何時候只要他提出的公共措施符合人民利益，我一定會比別人更熱烈地擁護和贊成。我過去之所以反對是由於業主提出的措施顯然只為業主的利益服務，嚴重損害了人民的利益。”佛蘭克林對州長對他表達的好意表示了感謝，並表示願盡力使他順利執政，但希望他沒有像他的前任那樣帶來業主的指示，束縛了自己的手腳。對這些，州長未作回答。
　　
事實上，州長既為業主所委派，就不可能不按業主的意旨行事。在後來的施政過程中，州長和州議會的爭執一如既往，而佛蘭克林仍然站在議會方面鬥爭的最前列：第一次要求州長將對業主的指示通知州議會的請求是佛蘭克林寫的，後來議會對這些指示的反對意見也是佛蘭克林執筆的。但是，他和丹尼之間卻維持了相當不錯的私人交往。佛蘭克林從丹尼那裏獲知，他早年的朋友詹姆士•拉爾夫現在是英國最卓越的政論家之一，他的散文被認為是第一流的，但他的詩卻遭人鄙薄，聲名不佳。
　　
4月14日，州長向特拉華族印第安人宣戰，頒佈了以重金懸賞印第安人的俘虜或頭皮，包括婦女和12歲以下的兒童。這種無情措施的施行使大量的教友會教徒辭職離開了議會，非教友會教徒在議會中占了多數。在議會通過撥款議案時，州長仍堅持業主不能依例納稅。9月，議會按州長的條件決議撥款3萬鎊用於軍務，在當時的緊急情況下在自身權利問題上作了妥協，但決定向英格蘭奇去一份抗議書。
　　
到了年底，賓夕法尼亞的形勢空前危急：法軍仍然佔據著杜奎恩，8月以來還拿下了英軍在奧斯維格的堡壘。11月，一隊印第安人襲擊了艾倫堡，守軍或被殺或被俘，剩下的被迫逃離，並燒毀了村莊和佛蘭克林指揮建造的木堡。萊希空地向法軍敞開了。
　　
12月，州長要求議會撥款12萬5千鎊用於來年的軍務，議會只撥款10萬。1757年1月，州長否決了這項議案，並說要將議案的副本上交國王。議會則於月28日決議派代表到英國去提交自己一方的理由，次日，又決定派佛蘭克林出使英國。正在這時，駐美英軍司令勞頓勳爵來到費城，找佛蘭克林和州長晤談，謀求調解此事，打開僵局。但勞頓主要是勸說議會方面依從州長的意圖。

佛蘭克林回憶當時的情形是，“他懇求我利用我的力量和他們一道來達到這個目的，他聲言他不能分出英王的軍隊來保衛我們的邊境，如果我們自己不繼續作防禦準備，我們的邊境必然容易遭受敵人的襲擊”。在這種情況下，佛蘭克林說服了議會，只是在這場合下讓步，而不在原則上讓步。議會另外通過了一項符合業主指示的議案，州長立即批准了。
　　
同時，佛蘭克林作為州議會的使者，于4月4日偕同兒子一道，離開費城往紐約搭船，直奔倫敦向英王請願去了。在紐約，經過長達兩個多月的無謂拖延，一直到6月中，佛蘭克林乘坐的船才隨船隊駛離紐約。途中，船隊幾次遭到了敵船的追擊，還差一點撞到礁石。佛蘭克林卻在研究船速同載貨、裝帆和駕駛方法的關係，並注意到了燈塔的重要性，最重要的是他為《窮理查曆書》寫了新序言，即《亞伯拉罕老者的講話》。

一個多月過去，船終於在英國南部的海港法爾默斯靠岸。佛蘭克林父子下了船，立即出發前往倫敦，在途中“只稍作停留參觀了索爾斯伯裏平原的史前石柱和威爾頓的潘布洛克勳爵的宅邸、花園以及他的珍奇古玩 ”，於7月26日到達了倫敦。