农药残留于谷物、蔬菜、果品、畜产品、水产品以及土壤和水体中的现象，称为农药残留。农药使用后会分解而残留，一部分附着于作物上，一部分散落在土壤、大气和水等环境中，环境残存者又会被植物吸收，最后又通过环境、食物链，仍是会传递给人、畜。
二次世界大战前，农业生产使用的农药主要是含砷、硫、铅、铜等无机物，还有除虫菊酯、尼古丁等取自植物的有机物，但二次世界大战期间，人工合成有机农药开始应用于农业生产。
至今，全世界化学农药年产量近200万吨，有1千多种人工合成化合物被用做杀虫剂、杀菌剂、杀藻剂、除虫剂、落叶剂等。有机农药也被大量使用，造成严重的农药污染，严重威胁人体健康。
现今的农药，有些可在短时间内降解为无害物质，但有些则不行，如DDT在内的有机氯类农药，残留性强。依据残留的特点，农药有三种：一为在植物内残留，如六氯环己烷（HCH，俗称六六六）、异狄氏剂（Hexadrin）；一为在土壤中残留，如艾氏剂（aldrin）、狄氏剂（Dieldrin）；一种是溶于水，在水中残留者，如异狄氏剂（Hexadrin）。
残留的农药有些很难分解，一直保持原来的化学结构，有些则可以其化学转化产物或生物降解产物的形式残存。
在土壤中残留的农药可由植物的根部吸收进入植物体内。例如对艾氏剂（aldrin）的吸收能力，花生优于大豆，再优于燕麦，再优于大麦，再优于玉米。一般而言，根部散布的农药浓度大于茎部，再大于叶与果实。
农药可进入河流、湖泊、海洋，逐步的在水生生物体内累积，例如自然界中的鱼，有机氯杀虫剂都可检测出来，浓缩系数有时可达四万倍。
有些农药现已完全被禁止使用，如有机砷、汞等农药，因其代谢物无法降解，造成的毒害太大而被禁止。
六六六、DDT等有机氯农药，化学性质稳定，自然中消解缓慢，又容易在人和动物体脂肪中积累，其代谢物虽然毒性降低，但仍是存在残毒问题。
有机磷、氨基甲酸酯类农药算是相对较安全的农药，因为其容易受外界条件影响而分解，但这类农药仍有部分是高毒与剧毒，不可不注意，如甲胺磷（Methamidophos）、涕灭威（aldicarb）、克百威（Carbofuran）、水胺硫磷（Isocarbophos），如不慎被用于生长期短、连续采收的蔬菜，很难避免因残留量超标而导致人畜中毒。
有些农药虽然毒性较低，但其代谢物毒性反而较高，如二硫代氨基甲酸盐类杀菌剂，其代谢物乙撑硫脲（Ethylenethiourea）反而成为致癌物，诸如此类，不可不慎。
自然耕种，是最好避免农药毒性的方法，但囿于商业利益，只限于极少数自家耕种可达成，一般人只好是自求多福了。＠◇
