洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋驾崩，终年71岁。长孙朱允炆继位，是为建文帝。建文帝是懿文太子的第二个儿子，颖慧好学，性至孝，生性仁厚。不过，《明史纪事本末》认为建文帝“仁柔少断”，这大概也是受其父亲的影响，书生气十足，温文尔雅，仁爱但缺乏自信和治国理政的经验和能力，而且论才能和胸襟，朱允炆也无法与朱棣相比。
一次，大家在宫里饮酒。朱元璋出了个上联：“风吹马尾千条线”，朱允炆没有打仗经验，所见不过平凡琐事，对的是“雨打羊毛一片毡”，软绵绵的，没什么味道。而朱棣见过世面，巧对“日照龙鳞万点金”，气魄宏大，朱元璋听了非常高兴。是以明太祖时期有意更换储君，即让燕王朱棣当太子，但有大臣提醒他，如果更换，比朱棣更年长的秦王朱樉和晋王朱㭎怎么办？于是朱元璋打消了这个念头。
由于明太祖遗诏中不让诸王回来奔丧，建文帝顺利即位，燕王回来奔丧中途也被阻止。朱元璋死后7天就被下葬。按照通常的礼制，皇帝死后，尸体停殡宫中至少要近一个月，这时被称为“大行皇帝”，停殡期间举行丧礼仪式，嗣皇帝、皇室成员、百官军民服丧27日，停止娱乐、婚嫁活动。建文帝却没有遵照这样的礼制，如此有悖人伦之举，让燕王很不高兴。
与此同时，因为担心在外拥兵的诸位叔叔危及自己的皇位，建文帝和大臣齐泰、黄子澄等商计削藩。有大臣建议不要仓促削藩，而应采取推恩令，逐渐削弱诸王势力。后一种方式明显更有利于权力的稳固，建文帝虽表示赞同，但最终还是采纳黄子澄的建议，即先削弱几个力量较弱的亲王，然后再向力量最大的燕王朱棣开刀。
不久，建文帝下令执周王和妃嫔到京都，贬为庶人，迁到云南。此后，岷王、齐王、代王也相继被贬为庶人并被拘禁，湘王还被逼自焚。此外，建文帝还下令亲王不得节制文武将吏，并下诏更改官制。
一年之内五个举足轻重的藩王被废，建文帝下一个目标明确指向实力最强的燕王。燕王意识到自己处在危殆中。
据《明史•五行志》记载，建文帝削藩期间，曾有一疯道士在街头唱道：“莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿！”事后人们终于知道是指不要逼迫燕王，否则燕王必将高飞，最后作皇帝。
燕王被逼起兵
1399年二月，燕王来到南京见建文帝。三月，回到北平后即称病不出。其后，建文帝调兵遣将三万兵马安置在北平附近，监视燕王，防止燕王兵变。四月，适值明太祖驾崩一周年的祭礼，燕王派自己的三个儿子进京。当时有手下建议三个人不应该一同前往，燕王说这样做，朝廷就不会怀疑自己了。
燕王的三个儿子进京后，建文帝的大臣们也在是否扣留的问题上发生分歧，黄子澄认为在没有对燕王下手前，还是让他们回去的好。当他们平安回到封地时，燕王也大松了一口气。
不久，有燕王的护卫向建文帝报告，燕王的两个校官在做不可告人的事情，建文帝下令将二人带到都城杀死，并下诏责备燕王。燕王不得不继续装病，甚至装疯，“走呼市中，夺酒食，语多妄乱，或卧土壤，弥日不苏”。
建文帝派人问候，看见燕王盛夏坐在火炉旁说“非常冷”，在府邸中还需要拄着拐杖行走。建文帝稍稍相信燕王并无反心。
本以为可以通过装病装疯逃过一劫的燕王却没料到，很快，建文帝就下令抓捕燕王，命令下给燕王的旧部、北平都指挥使张信。
张信接到命令后，心中很忧烦。他的母亲看到他这个样子，便询问缘由，张信俱实以告。张母大惊，告诉他不可以做这件事，“吾故闻燕王当有天下。王者不死，非汝所能擒也。”张信犹豫不决。
此时信使又来催促，张信不满意催逼太急，于是前往燕王府拜见燕王，告知详情。再三求见后，燕王才与其见面。
得知实情后，燕王大惊，马上找来道衍等人商量对策。当时正下着暴风雨，房子上的檐瓦掉落，燕王认为不是好兆头，面显不悦之色。道衍却认为是吉兆，“飞龙在天，从以风雨。瓦坠，天易黄屋耳”。原来明朝制度规定，王府的宫殿上只准用绿色的琉璃瓦，只有皇宫才可以用黄色的琉璃瓦。说要换黄瓦，言下之意就是要当皇帝了。这自然是吉兆，燕王这才面露喜色。
随后，燕王逮捕并杀死前来抓捕自己的两名将领，并占领北平。其后给建文帝写了两封信，表达他对其逼迫诸王的不满，并以遵祖训，诛齐泰、黄子澄以“清君侧”，为国“靖难”之名，誓师起兵。同时去建文帝年号，仍称洪武三十二年。
靖难之役
从燕王起兵到最后取得胜利，历时四年，史称“靖难之役”。在这一过程中，道衍扮演了重要的军师角色，燕王每战或战后都要与其商议。燕王起兵时，手下有收降的蒙古骑兵、农民等，如何使军队具有战斗力，成为朱棣要面对的难题。他下令按照“五军制”进行整编，任命张玉等将领分别统率。由此，10万人的军队整合为一体，攻防自如，具有非常强的战斗力。
不过，与朝廷军队相比，燕王在兵力上并不占优势，除了北京封地外并没有控制其它地盘，而建文帝则有几倍于燕王的常备军，拥有全国的经济支持等。但随着战争的推进，燕王卓越的军事领导才能、高素质的军队逐渐显示出来。除了最初归降燕王的北方诸将外，朱棣还得到宁王战斗力极强的骑兵，以致建文帝派出的由李景隆统率的军队节节败退，不少将领也投降了燕王。
这里要说两件天助燕王的奇事。一件是民间传说，1399年七月，燕王率兵刚出北平，就在东坝（今北京朝阳区下辖乡）与建文帝派来的军队遭遇，双方展开厮杀。这里背依重山，面对平陆，诸山之水连河通海。交战中，朱棣骑着一匹青骢马，被敌军追逼到一条河沟边。眼看就要没命，情急之下他问坐骑：“你能跨过这沟，让我脱险吗？”说完一抖缰绳，这马驮着朱棣噌地一下连跨三道河沟，甩脱追兵，化险为夷。后来朱棣当皇帝后，还在此建了马神庙。
一件是1399年十一月，建文帝的大将李景隆趁朱棣移师大宁（今山西临汾县内）时攻打北平，但被朱棣的长子朱高炽使用冰冻城墙的方法而无法破城。于是将兵营驻防在河西，前锋陈晖部驻守在河东。燕王从山西率兵赶回后，军队被河水阻挡，当天北平下起了雪，朱棣默默祷告说：“天若助予，则河冰合。”当天晚上，果然河水结冰，燕王率兵渡河击败陈晖军。
1400年，双方在河北白沟河交战，李景隆战败，燕师乘胜围攻山东德州并很快占领德州，充实了粮草，其后攻打济南。李景隆再被燕王精锐部队击败，仓皇逃回京师。
此后，燕师围济南城三个月，敦促城中军民投降。济南守将诈降，请求燕王退兵十里，单骑入城。燕王很高兴，答应其请求。退兵后，燕王率领几名随从过了护城河，直至城下。此时城门大开，燕王催马进入，铁门突然坠下，伤了燕王的马首。燕王大惊，换了一匹马回身便走。在济南守军拉起吊桥之际，燕王纵马从桥上跃过。这又是上天护佑朱棣的一个征兆。
燕王发现被骗后，合兵再度攻打济南，不料守将在城头挂上明太祖的神牌。燕王不敢攻击，在与道衍商量后，遂下令返回北平。攻下的德州等城邑也一并失去。
其后，建文帝招降燕王不成，又听从大臣方孝孺的建议，离间朱棣和其长子朱高炽，密信让后者归降，并许以燕王。朱高炽直接将密信送给军前的朱棣，破了建文帝的计策。
当时，朱棣虽多胜，但损失颇重，起兵三年虽然攻下很多地方，但又不得不放弃，随即被朝廷军队所据，双方经常处于拉锯战中。
值得注意的是，在征战中，朱棣严禁手下滥杀无辜，并屡次释放俘虏，从这可以看出其宽仁的性格。
1399年八月，燕王军队与老将军耿炳文率领的建文军队在河北真定展开厮杀，朱棣大败对手，并占据雄县。由于受到顽强抵抗并遭到辱骂，朱棣的手下没有听从朱棣此前的告诫，一怒之下把8,000多名俘虏都杀死了。
朱棣大为不满，训斥说：“你们这样做是在破坏我的形象，我们现在的行为是求生存，这会让我们死得更快；杀俘虏会让敌人绝望而不敢投降，死战到底，得不偿失；天理循环，杀降是有报应的。北宋的曹彬由于不杀降卒，子孙昌盛；杀降的人往往绝后或遭灾。今天虽然攻占了一城，但所得很少，失去的却很多。”诸将稽首谢罪。这说明朱棣非常有远见卓识，同时信神，信因果报应。
1400年九月，南京承天门发生火灾，由于承天门含有“承天启运”、“受命于天”之意，代表帝王权力来源的合法性，因此被视为是上天对建文帝的警告。很多大臣上书建文帝“多言宜罢兵息民以答天谴”，但方孝孺却表示这是代表诛灭诸侯的征兆，并建议建文帝改换承天门的名字，建文帝听从了其建议。
同年十月，朱棣攻破沧州，生擒3,000多降卒，在朱棣下令释放后，朱棣手下大将谭渊不满于俘虏被朝廷征召反复打己，趁朱棣不注意，把这些人全都杀死了。朱棣大怒，告诉他如此好杀、滥杀，离报应就不远了。结果不久，在其后的战斗中，谭渊的战马突然失惊，把他摔下马来，为敌军所杀。此是因果报应的又一实例。而朱棣随后与建文大军在山东东昌决战，朱棣兵败，后退居北平。
1401年底，不满建文帝的朝廷大臣密报燕王，南京空虚，可以快速进军攻打。于是，朱棣改变战略，于1402年挥师南下。四月，连破何福、平安师，五月攻克泗州、扬州。建文帝危急，许多大臣为自身考虑，请求离开都城，都城空虚。方孝孺给建文帝出主意，暂时割地求和，再征召南方兵马，与燕王在长江决战。建文帝依计，遣庆成郡主至燕师，乞求割地求和，但燕王不许。燕王送别郡主时说：“为我谢天子，吾与上至亲相爱，无他意，幸不终为奸臣所惑。更为我语诸弟妹，吾几不免，赖宗庙神灵，得至此，相见有日矣。”郡主回来转告建文帝，建文帝无可奈何。
六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。谷王朱橞与李景隆开金川门投降，京师遂破。南京城陷时，宫中火起，建文帝朱允炆不知所终。有说法是朱允炆死于大火，被以帝王之礼安葬，废其庙号，改称懿文皇太子；但也有种说法是他出了家。
此后，朱棣承继帝位，是为明太宗，嘉靖时改谥号为明成祖，因为只有开国皇帝才可以有“祖”的庙号，嘉靖如此做，显然昭示成祖是明朝重新开天辟地的皇帝，此评价非常恰当。而即位后的朱棣，开始了他辉煌的帝王生涯。@*
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