内经的医理非常有系统
上古时代，中国的医药就已经开始了很系统性的整理。
《黄帝内经》算是最早期系统性将中医理出头绪的文字记载书籍。这个书籍分成两大部分，《素问》、《灵枢》。
举凡望气色之诊、切脉之诊，天气阴阳变化，草木的性味等都在这本《内经》典籍中详尽的理出了一定的方向和大纲。
《路史》记载，在那很久远、很久远的时代，神农曾经命僦贷季整理色脉的系统。《素问》有云，僦贷季能通神明，懂的和五行、四时、八风、六合掺合对照，发现了它们互相之间变化的微妙，也掌握了它们的原理。最后说，要知道它的原理，“色、脉”二者是很关键性的。为什么呢？因为“‘色’以应日，‘脉’以应月，常求其要，则其要也。夫‘色’之变化，以应四时之‘脉’。”
《内经·素问》称歧伯为天师，歧伯跟随师父僦贷季学习，并且整理“色脉”的理，在这个基础上，又和黄帝借着问答，把色脉相关的理路写在《素问》的脉理之中。
《针经》又叫《灵枢经》，这部经典将扎针的纲纪和详细的扎针理路完整记述，是黄帝和歧伯一起著作的。
《内经·灵枢》有一段对话，大意是：黄帝问歧伯，我这个朝廷养百姓，向百姓收租税，但是我担忧他们，有时会生活供给不足，有时难免有疾病侵扰。于是，二人藉对话将针灸的纲纪订定完整，吾人可在这么久远之后，还能遵照着以之救人于病苦。
植物当作药物使用，也有一定的理路，《帝王世纪》的记载，黄帝命令歧伯“尝味草木”，主持并整理医病经方，于是写作《本草》。在《素问》中，比较完整性的阐述了有关疾病和草药的性味互相之间的关系。
疾病的流行，和天气的不正常变化有关，在《内经》之中，可以看到人感染疾病与天气之间的机制和相关关系。《通志·三皇纪》，黄帝体察天气型态和五行生克、阴阳变化互相之间的关系，了解了“五运六气”的道理，和歧伯问答讨论这种“五运六气”之理，记载下来了。
内涵层次分明的内经
《黄帝内经》主要内容，有分明的几个层次。
1)修炼的层次：
人们只要肯吃苦，愿意做个修炼的人，也必然可以修炼而修到很好、修到很高的境界。
其实，历史上许多修炼佛、道的，古籍中也有许多记载。黄帝是一位聪明而有智慧的人，通过修炼成功而登仙境。《黄帝内经》对于黄帝修成登天的事迹，仅有一笔带过。
以下是黄帝的修炼原文：《素问·上古天真论》曰：“昔在黄帝，生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而登天。”
《黄帝内经》中也有这样的叙述，认为人如果通过修炼，根据不同的修为层次，修炼的较好的人还可以分成真人(注1)、至人(注2)、圣人(注3)、贤人(注4)。
2)道德的层次：
要求人修炼是可欲而不可求的；明知修炼了，可以免除病苦，但也不是每个人都愿意修炼的；明明知道真的有真人、至人……等像神仙一般的通过严格心性考验的修炼人，也不一定相信自己能修、修了也不相信自己一定能成功。
退而求其次，《黄帝内经》认为，人如果能维持一定的道德水准，也可以免于病苦。可是，“上古之人、中古之人、当今之世”的道德水准还是有差距的，所以治病效果也不同。(注5)总希望人可以让自己的起居、饮食都达到一个平衡的、不偏不倚的生活模式，于是看《素问·汤液醪醴论》对人们的要求就是，不喝酒、减少欲望、按天地的运行周期而起居：“今时之人不然也，以酒为浆，以妄为常，醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真，不知持满，不时御神，务快其心，逆于生乐，起居无节，故半百而衰也。”
3)健身保养的层次：
对于道德的要求，也许有人认为不切实际，让医生看病，还要听医生的教训，要求道德水准提高，有点窒碍难行，于是，更等而下之，要求人的这个肉体少生点病，也算是好的。于是教给人们避免受风寒，《素问·上古天真论》曰：“上古圣人之教下也，皆谓之，虚邪贼风，避之有时。”(注6)如果可以按照圣人的指示，避免遭受六气、八风的侵袭，又减少自己的各种欲望，精气神能够保有的很好，且守于内，那哪会生病呢？可是要人减低欲望很难，所以退而求其次，只要避免遭受风寒等，那也可已减少一些疾病的发生。
4)治病的层次：假如人们尚未有意愿修炼、道德水准尚未能向上提升、连避免遭受风寒都难以做到，那么，生病就难免了，只好请求医生看诊治病。
《素问·上古天真论》说，很难要人们不喝酒、减少一点欲望、按天地的运行周期而起居，于是人们就早早的衰老了。(注7)当然，人们早早衰老了、又容易得病，只好看医生，让医生给诊治了。也许，修炼等部分，的确难以完全做到，人生了病，还是需要照顾的，因此，整部《内经》谈论与治病相关的部分特别多，比其它部分都多。
内经中，钜细靡遗的，从经络的走向、生病的原理、治病使用的方法如针灸、导引按𫏋、砭石，直到使用药物，性味与治病的关系、药物几乎都有毒性，当用于治病时有一定的原则，例如“大毒治病十去其六，常毒治病十去其七，小毒治病十去其八，无毒治病十去其九”……等，都有很详尽的说明。
至于为人治病的医生，又有治未病和治已病的上工、中工之分。明知病的进程，能预防生病于机先的医生就是好医生，称为上工；不能的，只能看到生病这个实质问题的医生，就叫作中工。
参考资料：
1)《素问．上古天真论》：上古有“真人”者，提挈天地，把握阴阳，呼吸精气，独立守神，肌肉若一，故能寿敝天地，无有终时，此其道生。
2)《素问．上古天真论》曰：中古之时，有“至人”者淳德全道，和于阴阳，调于四时，去世离俗，积精全神，游行天地之间，视听八达之外，此盖益其寿命而强者也，亦归于真人。
3)《素问．上古天真论》：其次有“圣人”者，处天地之和，从八风之理，适嗜欲于世俗之间，无恚嗔之心，行不欲离于世，被服章，举不欲观于俗，外不劳行于事，内无思想之患，以恬愉为务，以自得为功，形体不敝，精神不散，亦可以百数。
4)《素问．上古天真论》：其次有“贤人”者，法则天地，像似日月，辨列星辰，逆从阴阳，分别四时，将从上古，合同于道，亦可使益寿而有极时。
5)《素问．汤液醪醴论》：自古圣人之作汤液醪醴者，以为备耳，夫上古作汤液，故为而弗服也；中古之世，道德稍衰，邪气时至，服之万全；当今之世，必齐毒药攻其中，镵石针艾治其外也。
6)《素问．上古天真论》：上古圣人之教下也，皆谓之，虚邪贼风，避之有时，恬憺虚无，真气从之，精神内守，病安从来。
7)《素问．上古天真论》：“今时之人不然也，以酒为浆，以妄为常，醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真，不知持满，不时御神，务快其心，逆于生乐，起居无节，故半百而衰也。”
8)《素问．上古天真论》：上古之人，其知道者，法于阴阳，和于术数，食饮有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱而尽终其天年，度百岁乃去。
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