清教徒认为，他们的宗教是唯一纯正的宗教，所有人都应该成为信徒。他们同时主张，教会领袖应该担任地方官员，殖民地的所有人都应该出钱支持教会。他们觉得，政府官员的职责之一就是要告诉民众应该信仰什么。不过，也有人不认同这些成为殖民地领袖的清教徒的意见，罗杰·威廉姆斯牧师就是其中之一。

跟所有清教徒一样，罗杰·威廉姆斯也认为其他欧洲宗教都是错误的，印第安土著居民的信仰也是错误的，但是他不同意强迫他人接受自己的看法，认为以基督教的名义去惩罚或杀人是罪孽，认为只有教会成员才有义务出钱支持教会。
罗杰·威廉姆斯通过演说和发表文章来宣扬自己的理念。他著书指出，因为信仰不同而惩罚别人是错误的。他还提出，欧洲定居者是在盗取印第安人的土地，英国国王没有权力把属于印第安人的土地划拨给臣民，让他们在那里定居。

在麻萨诸塞湾殖民地清教徒领袖的逼迫下，罗杰·威廉姆斯1636年离开麻萨诸塞南下。他从当地印第安人手中买下一片土地，建立了一个叫普罗维登斯的新城市。英国议会授权他以普罗维登斯为首府，创办一个新殖民地--罗德岛，这个殖民地接纳各种宗教信仰的人，包括天主教、贵格会教徒、犹太人，甚至是无神论者。

罗杰·威廉姆斯还相信政教分离，这种新观念日后逐渐发展成了美国最重要的治国理念之一。

很多人为了土地，离开麻萨诸塞，建立了其他殖民地，康涅迪格就是其中之一。一些人在清教徒牧师托马斯·胡克的带领下于1636年离开波士顿向西走，在靠近康涅迪格河的地方定居下来。另外一些人在麻萨诸塞以北建立了家园。英国国王把北面的一大片土地赐给两个好友。梅森建立了后来的新罕布什尔殖民地，戈吉斯建立了后来的缅因，但缅因始终没有发展成为独立的殖民地，仍旧是麻萨诸塞的一部份，直到美国建国为止。

荷兰殖民者定居在今天的美国纽约州一带，他们把那里称为新荷兰。当时荷兰实力雄厚，在世界上很多地方都建立了殖民地，大部份殖民地都归“荷兰西印度公司”所有。荷兰人在北美大陆上占据的土地要归功于英国探险家亨利·哈得孙。

荷兰领地位于北部清教徒和南部圣公会烟草种植者之间。荷兰人并不想在这片土地上定居，他们只想赚钱。荷兰西印度公司沿水路建立了很多交易站，并于1626年从当地印第安人手里买下了两个岛屿，也就是今天的曼哈顿岛和长岛。据说，这两个岛是用价值大约24美元的东西换来的。荷兰西印度公司希望找人在岛上定居，但是荷兰人都不愿意离开欧洲，荷兰殖民地因此向其他国家和其他殖民地的人开放。他们在曼哈顿岛上建立了一个小镇，叫新阿姆斯特丹。很快，这里就挤满了从很远的地方坐船来的人，据说当时在新阿姆斯特丹能听到18种不同的语言。1655年，新荷兰殖民地的总督占领了附近德拉瓦湾的一个瑞典殖民地。1664年，新阿姆斯特丹又被英国人占领，改称纽约，从此结束了荷兰对目前纽约、新泽西和德拉瓦一带的殖民控制。

不过，英国人允许原来的殖民者留下，让他们享受宗教自由，所以大部份荷兰人都没有离开。这片殖民地当时归约克伯爵所有，他是英国国王查尔斯二世的兄弟。查尔斯二世还把纽约附近的土地赐给了两个好友，卡特雷特爵士和伯克利勋爵。他们称其为新泽西。新泽西是英国的一个岛屿，是卡特雷特爵士出生的地方。卡特雷特爵士和伯克利勋爵制定了一份治理新泽西的政府规划，建立了一个定居者代表会议，保证宗教自由，而且不论宗教信仰，男性一律享有投票权。没过多久，新泽西殖民地就住满了欧洲各地的移民。查尔斯国王后来接管了这片地区，派皇家总督统治，但是当地的殖民者可以通过代表会议自行立法。英国国王对他的所有殖民地都做出了类似的安排，要求殖民者纳税，但允许他们自治。

贵格会教徒在英国十分受排斥。他们自称教友派，相信每个人心里都有一束灯光，指引他们走近上帝。他们认为，没有必要由宗教领袖来告诉大家什么才是正确的，所以贵格派没有牧师。贵格派教徒相信人生来平等，拒绝承认英国国王高人一等，拒绝纳税支持圣公会。他们认为，在任何情况下杀人都是不对的，所以即使被迫入伍，也不会使用武力。他们还拒绝向国王、政府、国旗，或是除了上帝外的任何人或物宣誓效忠。鉴于上述种种原因，英国人不喜欢贵格派。很多贵格派教徒希望离开英国，但是很多美洲殖民地都不欢迎他们。一个名叫威廉·潘的贵格派教徒改变了这一切。

威廉·潘的父亲是查尔斯国王的好朋友，是圣公会信徒，但是威廉·潘长大后皈依了贵格派。查尔斯国王曾经向威廉·潘的父亲借钱。父亲死后，威廉·潘要求国王用美洲大陆的土地还债。查尔斯国王于是把宾夕法尼亚赐给了威廉·潘，贵格派教徒因此有了自己的殖民地。这片殖民地夹在北面的清教徒和南面的圣公会信徒之间。威廉·潘说，宾夕法尼亚的每个人都要按照贵格派教徒的信仰生活，这就意味着平等对待所有人，尊重所有宗教信仰。在其他殖民地里，人们虽然享受宗教信仰的自由，但是只有多数教会的成员才能投票或是当选公职，而在宾夕法尼亚，所有宗教一律平等，所有教派的人都能出任政府官员。