长读序列技术可读取更长的DNA片段

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【大纪元2018年08月05日讯】(大纪元记者惠丽编译报导)基因拼写的错误、结构的变异、包含大块染色体的DNA的大规模重排,可以干扰到调节细胞生长的平衡机制;沉默的基因被大量激活并形成突变蛋白及其它原因导致细胞无限制地生长,这是癌症最显着的标志。

最近,冷泉港实验室(CSHL)的科学家在《基因组研究》上发表了有关癌细胞基因组结构变异的最详细的图解。该图显示了大约20,000个变异结构,由于长期流行的基因组测序方法的技术限制,其中只有很少的变异结构被人注意到。

该团队使用所谓的长读序列技术读取癌细胞的基因组。与旧的短读技术相比,该技术可以读取更长的DNA片段。

当使用该团队最近发布的两个复杂的软件包解释结果时,有两个优点是显而易见的:长读序列在信息和内容表现方面都更丰富。例如,它可以更好地理解DNA字母的重复序列,这种重复序列遍布基因组,部分是在更大的物质环境中才能观察到的。

该团队通过使用它来读取源自称为SK-BR-3的细胞系的细胞基因组,展示了长读技术的强大功能。 SK-BR-3是具有HER2基因变异(有时也称为ERBB2)乳腺癌细胞的一个重要模型。大约20%的乳腺癌是“HER2阳性”,这意味着它们会过量产生HER2蛋白。这些癌症往往是最具攻击性的癌症之一。

“我们在这个细胞系中发现的20,000个变种中的大多数都被短读序列所遗漏,”一位研究员Maria Nattestad博士说。 “特别有意思的是,我们在HER2基因周围发现了一系列高度复杂的DNA变异。”

在他们的分析中,该团队将长读序列的结果与另一种实验的结果相结合,该实验读取由激活基因产生的信息或转录本。这个更全面的图片非常详细地描述了结构变异如何破坏癌细胞中的基因组并揭示癌细胞如何快速衍变。

另一位研究人员Schatz表示:“使用最好的技术继续建立变异癌细胞类型目录至关重要。长读序列是捕获结构变异复杂性的宝贵工具,因此我们期望随着测序成本的进一步下降能将其广泛应用于研究和临床实践。”◇

责任编辑:朱涵儒

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