在1912年底中华民国的首次国会大选中，经过宋教仁和诸多国民党员的努力，国民党在参众两院的初选和复选中获得了巨大的胜利：在众议院的596个席位中，国民党获得269席，占45．1％，共和党、统一党和民主党为 154席，只占25．7％，；在参议院的274个席位中，国民党获123席，占44．9％，共和、统一、民主三党为69席，占25．2％（其他均为跨党和无党派人士）。在这次选举中，国民党虽然没有获得超过半数的绝对优势，但他们所占的议席数已经是远远超过了其他政党，即使共和、统一、民主三党联合，也不足以相抗衡。
国民党在竞选中的胜利，使全党一片欢腾，也令宋教仁感到十分的激动。在他看来，胜利的曙光已在眼前，组阁的梦想即将实现，但他万万没有想到的是，危险正慢慢向他逼近。1913年2月，宋教仁辞别母亲和妻子，在长沙、武汉、南京、上海、杭州等地演说、游历一番后回到上海，并准备在3月20日乘火车前往北京。宋教仁所到之地，往往要发表演说，其中也不乏抨击袁世凯政府的言辞。当时有人劝他不可过于锋锋芒毕露，以免不测之险。宋教仁对此却不以为然，他说：“我这一生，光明磊落，平生既无夙怨，也无私仇，光天化日的政客竞争，又怎么会有如此卑劣残忍的手段？”
（宋教仁的墓，在上海闸北公园一个不起眼的角落里）
3 月20日晚十点左右，宋教仁在黄兴、于佑任等人的陪同下，来到沪宁火车站准备北上。由于当时很多当选的国会议员也都从上海出发，因而车站还特设了议员休息室，宋教仁等人便先在那里稍作休息。议员休息室里的气氛是热烈的，每个人的情绪都很高昂。正当大家兴高采烈的谋划着民国未来的美好蓝图时，火车的汽笛突然 “呜呜”响起，提醒火车已经到站，旅客们赶紧上车。
从议员休息室到检票口不过数十米，两三分钟即可走到，但此时却突然下去了小雨。在大家的簇拥下，宋教仁与黄兴在前面并排走着，一路上还说说笑笑，但当他们快走到检票处的时候，斜刺里突然窜出一条黑影，说时迟那时快，只听“砰”地一声枪响，走在队伍前面的宋教仁表情痛苦，他扶著身边的铁栅栏，忍着痛叫道：“我中枪了！”
紧接着，又是两声枪响，这次的子弹却弹在地上，并未伤人。在大家的一片惊呼中，凶手却身手敏捷，还没等到巡警赶来，此人已经消失在迷濛的夜雨之中，一下就跑没影了。遭此变故后，欢乐的气氛为之一扫而空，夜色也紧张得换了一个面孔，在细雨茫茫中，街灯也显得更加的昏暗。
等到大家镇定下来后，却发现宋教仁已经歪倒在地上，手还紧紧的捂着受伤的腰部。当同伴们找来汽车送他去医院的时候，血已经流了一地。很快，宋教仁便被送到附近的铁道医院，经医生的检查，宋教仁是背后中枪，子弹斜穿到腰部，肾脏、大肠均被击中，更可怕的是，这颗子弹上竟然有毒！
毫无疑问，这是一桩精心策划的政治暗杀，目的就是要致宋教仁于死地。
外科医生赶到后，随即对宋教仁进行手术，在费劲周折后才将其体内的子弹取出，但此时已经太晚。手术后的宋教仁脸如白纸，他知道自己的生命即将走到尽头，便呻吟着对陪护的于佑任口授遗嘱，说有三事还需同志相助，一是将他在南京、北京及东京寄存的书籍全部捐入南京图书馆；二是他家中一向贫寒，老母尚在，希望在他死后请黄兴及各位故人代为照料；三是诸位同志要继续奋斗救国，勿以他为念而放弃责任。
言毕，宋教仁痛苦至极，他一会双手抱肩，一会合成十字，似乎有说不尽的苦况，旁边一班送死的友人，也都为之恻然落泪。在经过第二次缝肠手术后，宋教仁的伤情更加恶化，他还呻吟着说：“我为了调合南北，费尽若心，可是造谣者和一般人民不知原委，每多误解，我真死不瞑目。”
捱到3月22日凌晨四点，在黄兴、于佑任等人的围侍下，宋教仁终于在辗转苦痛中气绝而亡，年仅三十二岁。临终前，宋教仁双目直视不瞑，双拳紧握不张，眼眶中尚有泪珠，足见他对这个美好的世界是何等的眷恋和不舍。
也许是命运的捉弄，宋教仁太年轻的躯体，可能真的无法承当如此大的雄心壮志。在他即将到达政治生命的顶峰时，黑暗的陷阱却早已布下，宋教仁刚刚三十二岁的生命之火和无数人为之激动的宪政理想也随之无情熄灭。
时代的巨浪，将这位年少英雄推上了政治的浪尖，但最终的结果却是无可抗拒地死亡，虽说这是宋教仁的宿命，但又何尝不是无数国民的宿命呢？
宋教仁，字遁初，号渔父，湖南桃源人，他出身于一个耕读世家，最开始的时候家道还算殷实，但从其祖父辈开始因参与了反清事业，家族也由此开始衰落。宋教仁从小天资聪颖，1901年的时候考中秀才，1903年报考武昌文普通学堂时，他以第一名的成绩入学。文普通学堂是湖广总督张之洞设立的一所新式学堂，对当时的中外知识和新思想传播起到了很大的作用。也就在宋教仁入学的那一年，黄兴从日本回国宣传革命，宋教仁听了他的演说后十分佩服，从此便跟黄兴走上了同样的道路。
1904年2月，黄兴和宋教仁等人成立了华兴会，由黄兴任会长，宋教仁和刘揆一任副会长。当年11月，华兴会准备在长沙举行反清起义，可惜未经发动便消息泄露，结果起义未遂失败。在这一年的年底，宋教仁在得知自己被学校开除后，随后流亡日本。1905年初，宋教仁与革命同志在东京创办了《二十世纪之支那》杂志，以宣传革命，宋教仁被推为经理人并承担了主要的写作任务，尽管这个杂志只出了两期便被日本方面强制停刊，但宋教仁激情四射的文章已经在中国留学生中引起了不小的关注。
在同盟会成立后，《二十世纪之支那》杂志被改名为《民报》（即同盟会的机关报），仍旧由宋教仁负责日常事务。宋教仁初到日本后，因为不懂日本话，因而他经常到书店购书自学，并报名学习日语、英语甚至到体育会练习兵式体操，为日后发动武装起义做准备。在具有了一定的日文基础后，宋教仁参加了早稻田大学的考试，并成为留学生部的预科学生。在此期间，宋教仁翻译了一些宪政方面的书籍，包括《日本宪法》、《英国制度概要》、《美国制度要览》、《各国警察制度》、《德国管制》等，这些学术活动虽然谈不上研究精深，但基本奠定了他在宪政和法律认识方面的基础。
从宋教仁的日记来看，他在日本的生活并不是那么的惬意。譬如在1906年9月27日，宋教仁在日记中写道，自己接到家中的书信，哥哥说家里生活很困难，衣物都拿出去典当得差不多了，家里刚长出青苗的田地也卖了，老母亲很想念他，希望他回家，并希望他能寄钱回家或者自己带回家，缓解家里的经济困难。宋教仁读完信后，愁苦不堪，一筹莫展，他恨不能长出翅膀飞回家去看望母亲，又想从哪里想办法弄一笔钱寄回去，可他左想右想，最后还是一点办法也没有！
1907年，在日本试图谋划强占中国领土“间岛”（即延吉地区）时，宋教仁化名日本人打入日本秘密组织“长白山会”，并获取了日本人伪造的“间岛”归宿假证据。由此，他写出了一本名叫《间岛问题》的书，并帮助清政府在维护“间岛”主权问题上取得成功。为了奖励宋教仁的爱国行动，时任外务部尚书的袁世凯还亲自下令让驻日公使奖励宋教仁1000元钱。但是，宋教仁的行为也给他带来了被动，一是同盟会的同志怀疑他投靠清廷，二是日本政府将他看做清政府的奸细并对他进行监视，而此时的同盟会也屡起风波，宋教仁也被卷入冲突当中。
1911年1月，宋教仁返回上海，并应于右任的邀请担任了《民立报》的主笔，由此写下了大量的时政评论和革命宣传文章。在此期间，宋教仁、谭人凤、陈其美等人组织了同盟会中部总会，试图在长江中下游发动起义。武昌起义前（9月25日），湖北革命党人居正、杨玉如还到上海与宋教仁等人协商发动起义之事，并希望同盟会派人前去领导，可惜宋教仁认为时机尚未成熟，没有采取行动。
武昌起义后，宋教仁在南京临时政府中任法制院院长，协助孙中山制定法令。但在政治体制问题上，宋教仁主张责任内阁制，与孙中山主张的大总统制发生冲突（之后颁布《临时约法》却又改成责任内阁制，以限制大总统袁世凯的权力），好在后来南北议和成功，首任内阁总理唐绍仪又提名他做农林总长，但这个职位显然满足不了宋教仁的大志。在唐绍仪辞职后，宋教仁也辞去内阁职务，并返回湖南老家探望已经阔别了近十年的母亲。
在同盟会改组为国民党并获得国会选举的胜利后，宋教仁是极有希望出任新的内阁总理的，但谁也没有想到最后竟然会是这样的结果。
谁是杀害宋教仁的幕后元凶？
第一个怀疑对像当然非袁世凯莫属，因为他有太多理由要杀宋教仁。袁世凯曾经很欣赏宋教仁，并试图将他拉进自己的队伍中，譬如宋教仁在准备回湖南老家省亲时，袁世凯曾赠予其一本50万元的交通银行支票，让宋教仁随意支用，可宋教仁除用了二三百元外，将支票基本原物退还。另外，袁世凯还为宋教仁订造西装，连尺码都量得非常准确，足见其用心良苦。
可惜的是，在袁世凯的亲善和拉拢下，宋教仁看起却来是如此的“不识抬举”，他在各地演说中，曾毫不忌讳的攻击袁世凯的政府并言动一时，由此引起袁世凯的恼怒与仇恨，似乎也在话中之意。如今，国民党在国会选举中获胜，宋教仁也即将成为一个难以对付的对手，袁世凯怎能不萌生杀意？
令人无语的是，宋教仁在临终之前还请黄兴代笔致电北京，向袁世凯报告了被刺经过，他说：“窃思自己受任以来，束身自爱，从未结怨于私人。如今国本未固，民福不增，遽而撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳”。
临死之人，殷殷期望，章士钊说他是“至死不悟”，闻者何尝不令人心酸？
当袁世凯得知宋教仁被刺的消息后，也是十分的惊诧，他随即致电江苏都督程德全，要求迅速缉拿凶犯，按法严办，以维国纪。在宋教仁身亡的凶讯传来后，袁世凯发布命令，要求国务院从优议恤，并称：“前农林总长宋教仁，奔走国事，缔造共和，厥功至伟。适统一政府成立，赞襄国务，尤能通知大体。擘画劳苦，方期大展宏猷，何遽闻惨变？民国新建，人才难得，该凶犯胆敢于众目睽睽之地狙击勋良，该管巡警并未当场缉拿致被逃逸，阅电殊堪发指。凡我国民，同深怆恻。”
就当时而言，还不能认定袁大总统就是幕后凶手。道理很简单，如果在国会选举结束的敏感时期将宋教仁刺死，袁世凯的嫌疑无疑是最大的，按他通常的办事手段，断然不会出此下策。所以，当时的国民党人虽然心中怀疑，但至少在表面上没有表露出来。
不管怎么说，斯人已去，太息长存。4月13日, 在宋教仁逝世后的第三周,国民党人在上海举行追悼大会,前来为宋教仁致哀者竟然达到2万余人。4月25日,谭人凤等人请求政府为宋教仁铸像并开设公园，以资纪念。1914年6月，公园建成，地址就在宋教仁遇难处不远（今闸北公园）。宋教仁遗体迁入墓地的当天,前来送葬者又达数万人，谭人凤、王惠宠、居正、章太炎等国民党要人及其社会名流也都纷纷赶来参加葬礼。
宋教仁墓的顶端塑有鹰斗蛇的青铜雕塑, 墓寝坐北朝南,近似正方形,四周砌有24根圆头方柱,连成石栏。墓前有一大碑，碑文“宋教仁先生之墓”数字,乃孙中山先生的墨迹。墓区正中，雕有宋教仁的全身西服坐像,像座正面刻“渔父”两字,系章太炎篆文手迹；背面刻铭文:“先生之死,天下惜之。先生之行,天下知之。吾又何记？为直笔乎?直笔人戮!为曲笔乎?曲笔天诛。於乎!九泉之泪,天下之血。老友之笔,贼人之铁!勒之空山,期之良史。铭诸心肝,质诸天地”，系于佑任所书。
宋教仁的墓园原是乡间，经几十年的发展后，如今早已是栖身上海闹市，在今天的闸北公园，宋教仁墓依然矗立，周围也有很多人在此健身，锻练身体，虽说热热闹闹，但宪政主义先行者宋教仁的事迹却早已少有人知。在这个被人遗忘的角落里，宋教仁的雕像多少显得有点落寞和孤寂。
宋案发生后，江苏都督程德全下令上海地方立刻缉拿凶犯，公共租界当局、沪宁铁路局也都纷纷悬赏缉捕，空气为之一紧。重赏之下，必有勇夫，那些沪上的那些巡警、包打听们纷纷出动，四处寻找破案信息。和以往刺杀案悬而未破相反的是，刺宋案的破获却是出乎意料地顺利，几乎要用难以置信来形容。
就在宋教仁被刺的第三天，古董字画商王阿发到英租界捕房报案，声称一周前因卖字画曾去上海青帮大佬应夔丞（即应桂馨）家中，应桂馨当时拿出一张照片，说愿出酬金1000元将照片上的人刺死，当时王阿发没有答应。宋案发生后，王阿发见各报刊所登宋教仁的照片正是应桂馨给他照片上的那个人，所以赶紧前来报案。
在得到报案后，公共租界的巡捕随即在一妓院中将应桂馨抓获，并立即前往应家搜查。最有意思的是，巡捕们在搜查应家的时候发现其中一人神色紧张，而此人正是杀害宋教仁的凶手武士英。最令人不解的是，在巡捕将应桂馨抓获的时候，武士英也在妓院，并应一友人之托前往应家报信，结果被鬼使神差的一举抓获。
按常理，如果武士英是杀人凶手的话，在应桂馨被捕的时候应该立刻逃之夭夭，何以会在应家自投罗网？更令人不解的是，武士英被捕之后，很快便直言不讳的承认了刺杀宋教仁的行径，他供称自己真名为吴福铭，山西人，曾就读于贵州某学堂，后在云南军营中做过管带，现因军伍被裁，来沪一游，在茶馆饮茶的时候遇着一陈姓朋友，经他介绍认识了共进会的应会长（即应桂馨），应桂馨请武士英暗杀一人，说这人是无政府党，杀他就是替四万万同胞除害，并答应事成之后酬劳一千大洋，于是武士英便答应前去。
行刺那天，陈姓朋友告诉武士英说那人姓宋，今晚就要上火车，正好去收拾他。说完，陈便给了武士英一把五响手枪，又另招了两人前往火车站。等他们买了月台票进站后，正好碰到宋教仁进招待室，陈便把目标指给武士英看，让他随后动手。过了一会，宋教仁等从招待室出来，走至半途的时候，武士英便开枪打了一下，随后便逃走，回应家报功去了。应桂馨得知宋教仁确实被刺后，还称赞武士英能干，并承诺将来送他出洋游学。武士英则把手枪缴还，后来在应家搜到。
说到青帮大佬应桂馨，他原名应夔丞，也是上海滩上赫赫有名的人物。应桂馨当时有两个头衔，一是中华民国共进会会长，一是江苏驻沪巡查长。应桂馨年轻的时候曾在上海加入青帮，后来发展了一定的势力。陈其美在上海谋划革命的时候与应桂馨结识，陈本人还经常住在应桂馨提供的自家住宅，这里也成了当时革命党人的秘密据点，于佑任等人也曾住过。在这个时期，陈其美与应桂馨相互加入了对方的组织，即陈其美参加了青帮，而应桂馨也加入了同盟会。
在上海光复之战中，青帮成了革命党人的坚定盟友，他们自告奋勇地组织了敢死队，在攻打江南制造局等武装暴动中便有几千帮会成员参与战斗。上海光复后，陈其美建立沪军都督府，当时也得到了青帮的鼎力支持。在革命的最初，青帮和革命党曾有过一段蜜月，譬如应桂馨被任命为陈其美的谍报科长，当孙中山回到上海后，应桂馨又被陈其美派去直接负责接待和保卫孙中山。孙中山前往南京就任临时大总统时，便是由应桂馨组建卫队，随同前往南京。
本来应桂馨在革命成功后应该有个不错的政治前途，但此人身上江湖气、流氓气太重，他当上孙的卫队长后，在开始的时候对前来拜访孙中山的亲朋故友还比较客气，但后来人来得多了，应桂馨就看人下菜，有时还对客人恶语相向。孙中山见他不适合这种工作，由于将他改调临时政府庶务长，但应桂馨又在日常工作中有贪贿行为，因此孙中山在临时政府即将解散时将打发他回了上海。
1912年6月，在上海都督陈其美的支持下，应桂馨当上了中华国民共进会的会长，这是一个由上海青帮、洪门和公口联合建立的一个准政党组织，也是帮会组织公开化的产物。在武昌的革命党人试图发动南湖马队暴动推翻黎元洪时，应桂馨也代表共进会参与其中，后来因事败而被通缉，并仓皇逃回上海。
由于辛亥革命中有众多的帮会参与其中，这些人员的素质普遍不高，在社会上造成了很大的混乱，因而袁世凯上台后便采取措施解决帮会问题，以维持地方稳定。当北京政府得到应桂馨参与到武昌的暴动时，便派出内务府秘书洪述祖，希望取缔共进会，并妥善处理好帮会与地方治安的问题。
洪述祖这个人也不简单，他是清代著名学者洪亮吉的曾孙，但此人有才无德，虽然科考不顺，但他后来通过捐纳的方式进入官场，并曾在刘铭传、俞廉三和张之洞等人手下做过幕僚。但是，洪述祖的为人贪欲甚旺且胆大妄为，每次都是在任用一段时间后被逐。武昌起义后南北双方议和，这给了洪述祖一个天赐良机，因为当时南北代表均在张之洞的首席幕僚赵风昌那里议事，而洪述祖与赵风昌不仅是老相识，而且还有亲戚关系。由此，洪述祖在南北议和中成为了袁世凯的眼线，并立下大功。
清廷倒台后，唐绍仪本打算让洪述祖出任国务院秘书，但考虑到他之前的种种劣迹，后将他改任内务部秘书。洪述祖与袁世凯及其内务总长赵秉钧的私人渊源并不深，因而当他傍到袁赵这样的新主子后是格外的卖力，争宠立功的心情非常迫切。
洪述祖在上海也曾是帮会中人，因此很快便与应桂馨一见如故，他在代表北京政府处理青洪帮共进会的问题上，最后采取了收买的方式，并帮助应桂馨解除对他的通缉令。应桂馨在革命后受到革命党人的冷遇，于是也很快见风使舵，投靠了袁世凯集团。与此同时，应桂馨也没有割断与陈其美等人关系，颇有点“双面间谍”的味道（毕竟当时上海还是国民党的天下）。
对于应桂馨的投机行为，陈其美等人也早有察觉，特别在破获宋案时，国民党人发挥了很大的作用，比如揭发和抓获应桂馨、从应家搜到应桂馨与洪述祖及内务总长赵秉钧的大量密电函等，背后都有陈其美势力的影子。
在这些密电函中，主要是应桂馨与洪述祖之间的情报交换，而在宋教仁领导的国民党在国会选举中胜利在望的时候，两人的电报开始出现“激烈文章”的字样。对此，历史学家有两种解释，一是认为应、洪二人打算对宋教仁行刺，二是认为应、洪二人谋划从日本购买孙中山、黄兴、宋教仁的劣史，以在报纸上对革命党人进行丑化。
进入3月份后，应、洪的电文中出现“毁宋”的字样，而这个“毁”也是同样有两种解释。更糟糕的是，内务总长赵秉钧也与应桂馨通过两封密电，虽然是例行公事，但在洪述祖与应桂馨的其他电文中透露出袁世凯和赵秉钧是知道“毁宋”一事的。
从电文分析来看，最开始“毁宋”的含义应当是通过媒体丑化孙宋等人，但由于应桂馨拿不出实质性证据（即所谓“劣史”），而洪述祖又提高了相当的价码，于是应桂馨决定铤而走险，“毁宋”变成了 “去宋”，也就是要除掉宋教仁以获取巨额报酬。就这点而言，这件事只有洪述祖和应桂馨知道，而没有直接证据证明赵秉钧与袁世凯了解此事。
令人奇怪的是，武士英在一星期后的法庭上却对之前的供述全部推翻，声称自己此次杀宋教仁，完全是自己一个人的意思，并否认自己曾经见过应桂馨。不仅如此，武士英还声称自己是为北京政府除害，似乎有意为应桂馨脱罪并将人们的视线转到北京政府。由于武士英前后的供词翻得太离谱，这就不得不让人怀疑有人在幕后串供、故意唆使了。
更奇怪的是，武士英在被捕后一直表现从容，丝毫没有畏惧的罪犯心理特征，他在出庭受审时还沾沾自喜地说：“我生平未曾坐过汽车，此次因此案而坐公车，也是一乐。”武士英前后反复的行为让人觉得百思不得其解，而且他的背景也一直没搞清楚：他的被捕很奇怪，他的供词很荒唐，而他的死更是一个谜。
武士英和应桂馨开始被分别关押在英法租界，后来均被引渡到中国法庭，但就在预审的前一天，身体强健的武士英却突然死亡，而整个事件一点线索都没有。由于没有记载有外来者接触犯人，因而武被看守者毒杀的嫌疑最大。更要命的是，武的被杀，凶手干得非常漂亮，竟然没留下任何痕迹，以至于当时都没有留下什么有价值的证据（当然，证据也有可能被看守毁灭）。
目前史论认为袁世凯将武士英杀人灭口，这很可能是盲目归罪的无稽之谈。武士英的经历和背景与北京政府没有一点联系，说袁世凯杀人灭口非但在理由上站不住脚，而且从技术上来说也几乎没有可能。当时上海是国民党势力的大本营，当时的破案、审判等工作基本都在国民党控制下。武士英引渡到中国法庭后被关押在上海海运局沪军六十一团的军营中，而该部队是沪军都督陈其美的老部队改编。如果说杀人灭口，最大的可能反是来自应桂馨的帮会系统或者陈其美的国民党内部势力。至少，武士英的口供不一和被突然灭口，在这个幕后黑手没有被彻底揭露出来之前（唆使武士英翻供并将之灭口的很可能是同一主使人），宋案永远只能是一个谜。
至于后来应桂馨的死，则基本是自寻死路的。应桂馨被捕后在二次革命期间趁乱逃跑，他在逃出后躲到了青岛的德国租界里。在袁世凯击败革命党人后，应桂馨犯了一个严重的政治错误，他居然不甘寂寞的跳了出来，并在1913年底公开向北京政府发出请求“平反冤狱”的通电。应桂馨打着为刺客武士英平反的借口，说什么“宋教仁是主谋内乱之人却死有余荣；武士英为民除害反冤沉海底”，实际上是为自己鸣冤求功。
不仅如此，应桂馨在青岛找到洪述祖（宋案发生后洪述祖立刻逃到了青岛租界）强索报酬未果后，又从青岛跑到北京，并写信给袁世凯索取杀宋的报酬。这个应桂馨当时可谓是头脑发热，他也不掂量掂量自己的份量，一开口就是索要现金50万元，而且还要求授予他“勋二位”，两者缺一不可。
对付应桂馨这样的流氓，袁世凯还是很有一套的。反过来说，如果真是袁世凯指使了应桂馨刺杀宋教仁，那倒是有可能秘密给他一笔钱将之打发走，但要是刺杀宋教仁是洪述祖与应桂馨肆意妄为并让袁世凯背了黑锅的话，那袁世凯对应桂馨陡起杀心，那就实属正常了。
果然，某日晚上，四个彪形大汉以搜查烟土为名爬墙进了应桂馨的住所，所幸的是应本人不在。当应桂馨得知这个消息后，他吓得连行李也不敢去收拾，便仓皇逃往天津，但最终还是不免一死。就在火车开到廊坊附近的时候，应桂馨在车厢中被人乱刀砍死，死状极惨。从某个意义上来说，应桂馨的被杀，也算是为宋教仁报了仇。后来有证据证明，杀应的是北京执法处的郝占一和王双喜，而下命令的人极有可能就是袁世凯。这就是一个流氓泼皮前后反复、言而无信的下场。
更让人头大的是，在应桂馨被杀死后仅一个多月，在宋案中被攻击得最厉害的另一个嫌疑犯赵秉钧也突然死亡，这就让宋案显得更加的扑朔迷离。在宋案发生后，赵秉钧辞去了总理之职，并在风声过去后出任直隶都督。目前很多历史书都称赵秉钧是被袁世凯毒死，但这种总统毒杀前总理的重大事件，多少会显得有点离奇。
至少在相关记载中，没有找到赵秉钧被毒死的任何确凿证据。事实上，赵秉钧的死亡很有可能只是正常的病故，但由于死亡的时间与应桂馨的被杀过于巧合，这大概就是历史偶然性的魅力了。从历史记载来看，赵秉钧早年跟随左宗棠大军参加西征，曾经在星星峡戈壁滩遭遇大风雪，结果连人带马埋没雪中三昼夜，由此筋骨折伤，一生多病而且不能近女色，惟与鸦片烟相依为命。
赵秉钧为官多年，在袁世凯小站练兵的时候发迹，并专攻警政。袁出任直隶总督推行新政后，赵秉钧在天津筹建了中国最早的现代警务系统，开创中国现代警察制度之先河。赵秉钧在清末一直跟随袁世凯，后来还出任过巡警部右侍郎，他常年负责警务、民政，并无什么特别的劣迹。最有意思的是，至少从表面上来看，赵秉钧和宋教仁的关系还算亲密，在宋教仁北京任职的时候，因为宋住在城外不便，因而经常留宿赵秉钧家。在宋教仁退回五十万支票给袁世凯时，也是委托赵秉钧办理并请求赵秉钧从支票中代为偿付五千债务。倘若两人关系不好，断不可能有此委托。
在宋教仁遇刺消息传来后，赵秉钧正在主持内阁例会，他听后大惊失色，一边绕桌子不停转圈一边自言自语：“人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，哪能算人？”不一会，总统府中电请总理，赵秉钧即仓皇离去。从当时人留下的现场记录来看，赵秉钧的严重失态似乎并非是故意表演，反倒是因不知情而手足无措，假如他事先得知刺宋计划，想必不至于如此。但是，赵秉钧是知道洪述祖“毁宋”活动的，这才会说“人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，那能算人”这样一句话。看来，赵总理虽然在政治上也对宋教仁搞了些小动作，但对于宋教仁的被杀一事，应该是为管束下属不严而承担责任。
据记载，赵秉钧死前一直抱病工作，之前并无什么异常之事。在凌晨5点钟的时候，赵秉钧突然腹中剧痛，他的家人急忙派人将天津最有名的军医官屈永秋、徐德顺和名医王延年请来，但这三大名医也毫无办法，最后赵秉钧在当天上午死亡，其家属、医生等人也都没有提出他是中毒而死。由此，认定赵秉钧是被袁世凯毒死，多少有点过于武断。
宋案中最为阴险狡诈的内务府秘书洪述祖，他倒是在宋教仁被刺死后以最快的速度逃到了青岛德租界内。但是，天网恢恢，疏而不漏，洪述祖在1917年春跑到上海，结果被得讯赶来的宋教仁之子宋振吕（当时年仅15岁）及宋之秘书刘白认出，结果洪先是被扭送到上海地方法院，后来又被解到北平法院，最终在民国8年被判绞刑，而这也是民国第一次使用绞刑。在行刑过程中，不知何故，洪述祖竟然头颈分离（也许是太胖或者是绞机是不合格产品），其状可怖。
洪述祖在狱中时自知难免一死，他曾自作一挽联为自己辩护，称：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧作；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”既然洪不服气，那就去阴曹地府见宋教仁、应桂馨辩驳一番罢。
至于另一个重大嫌疑人陈其美，更像是冤冤相报，自食其果。陈其美是浙江湖州人，数代耕读的小乡绅家庭出身，他们三兄弟陈其业、陈其美、陈其采都颇有名气。陈其美的弟弟陈其采有文才，中过秀才，后来又赴日本士官学校留学，回国后出任驻沪新军统带，年方23岁。不久，陈其采又出任湖南武备学堂监督，官运亨通。
弟弟的成功经历给了陈其美很大刺激和启发，他当时在一个典当铺里做学徒， 26岁了学徒还没毕业，想不到弟弟不过在日本留学几年，便已经前途似锦，于是陈其美也要求弟弟给予资助并于1906年赴日，进入东斌学校学习军事。
陈其美到日本的时候，当时东京已有几千名中国留学生，革命思潮广为传播，由此他也很快加入同盟会，并结识了黄兴、宋教仁、汪精卫、胡汉民等人。与这些老资格的同盟会领导人相比，陈其美参加革命的时间要晚很多，资历也比较浅，但由于陈其美年龄较大，而且精明强干，社会经验丰富，由此也很快跻身领导人之中。
陈其美虽然在革命中表现卓越，但其个人名声却甚为不佳，譬如个人生活腐化、流氓习气，等等。陈在任上海都督时，由于频繁出入下流场所，舆论经常攻击他为“杨梅都督”。据说，有一次陶成章从南洋募款回来，陈其美向陶成章要钱作为革命经费，陶不仅不给，还对陈其美说：“上海尽有够你用的钱，我的钱要给浙江革命同志用，不能供你嫖妓用。”由此，陈其美也就与陶元章结下仇。
陈其美这个人，身兼革命家和青洪帮的双重身份，其为人一向胆大妄为，而且心狠手辣，民国多起著名的政治暗杀，便都有他的身影。比如光复会陶成章被刺一案，便是陈其美一手策划，其因为个人利益关系而在革命同党身上下如此黑手，实在令人难以想像。更讽刺的是，在陶案后，大家都发表通电抓凶手，陈其美也说要抓凶手，可凶手原不是别人，正是陈其美指使手下蒋介石干的。
在宋案两个月后，陈其美又策划了一场对洪帮大盐枭徐宝山（当时也参与了革命）的暗杀时，当时使用的手段是特制了一个古董花瓶定时炸弹，然后由冒充的古董商送到徐家，将徐宝山炸死。值得注意的是，宋案中的报案人也是个自称卖画的古董商人。
商务印书馆的创办人夏瑞芳与上海守备使北军将领郑汝成，也都是被陈其美所策划暗杀，他还派人暗杀过与他争上海都督的光复军领袖李燮和，虽然这次未得手，但也将李燮和从上海吓跑。陈其美的作风一向独断专行，1911年12月12日，他在不经任何法律手续下的情况下，将镇江军政府总参谋、攻克南京有功的江浙联军参谋长陶骏葆枪毙，并打算刺杀镇江军政府都督、北伐军临淮总司令林述庆（林述庆后来在1912年也是死得莫名其妙）。
在宋案中，陈其美的影子似乎无处不在，但目前又并没有直接证据证明陈其美到底在其中扮演了什么角色。在二次革命期间，上海检察厅的很多原始档案都被陈其美的士兵有意捣毁，真相更是难以查明。也许的冥冥中只有天意，擅长暗杀的陈其美最后也在1916年被人暗杀，这次的主使人人却也是同时参加革命的帮会人物张宗昌，而且是同门。
最不可思议的是，目前绝大多数的历史书，不管是正史还是野史，甚至是历史小说，都异口同声地断定袁世凯是宋教仁被刺杀的幕后元凶，随后他又杀了武士英、杀了应桂馨、杀了赵秉钧，还在临死前的那个月派人刺杀了陈其美。倘若洪述祖早一点被抓被杀，估计也得算在袁世凯的头上。
黄兴曾在宋案后激愤的说：“前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年杀宋教仁；你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。”但正如《论语》中说，“君子恶居下流，天下之饿皆归焉”，认定袁世凯是杀人元凶，只因为袁世凯是个称帝复辟的坏人，所以历史便可以不顾证据的鉴别与细节的推敲，只管将屎盆子一股脑儿的扣在袁世凯的头上，这又是何等荒唐可笑与不负责任。在宋教仁遇刺案上，历史又何尝不是一个任人打扮的小姑娘。
跟随袁世凯多年的机要秘书张一麟曾对刺宋案做过评语，他说：“宋案之始，洪述祖自告奋勇谓能毁之。袁以为毁其名而已，洪即唆使武刺宋以索巨金，遂酿巨祸。袁亦无以自白。小人之不可与谋也，如是。”
于右任是宋教仁的好友，他给雕像撰写的铭文惨烈沉痛，但到底是谁杀了宋教仁，众多史书，众说纷纭，至少到现在为止，不得不遗憾地说，宋教仁被刺杀一案仍旧是一个谜，于右任先生在铭文中“勒之空山、期之良史”的愿望，至今都没有实现。
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