首先，耗散结构理论发现了在远离平衡的区域可以“产生”新的结构体的机制，但却没有能够真正回答为什么会在远离平衡的区域“产生”新的结构体的问题。为什么在边缘区域可以“产生”耗散结构？另外，是不是只有耗散结构这样一种产生结构和秩序的机制？如果不是，那么这多种产生结构的机制之间会有什么关系呢？
第二，耗散结构理论所说的“耗散”指的是系统与外部环境有某种能量的交换，但是对这种能量有什么样的属性却没有回答。另外，一个“自组织”结构除了能量交换以外就真的与外界再没有什么别的关系了吗？或者是有，只是我们还没有发现这个能量交换背后的那个东西或“目地”是什么而已。
第三，回到熵的概念，耗散结构是通过不断的向系统内注入“负熵流”来维持的，那么“负熵”到底是什么耗散结构理论并没有给出答案。有人说“负熵”就是有效能量，这等于还是没有回答本质问题，只不过是用一个没有答案的问题去回答另一个没有答案的问题，实际上等于回到了前一个问题，这个能量的本质到底是什么？比如物理学只有“有效能量”和“无效能量”的区分，却不会有“好能量”或“坏能量”的区分。
第四，耗散结构的所谓的微观解释真的微观吗？其实它并没有突破物质空间的局限，没有突破物质的表层空间属性，并没有能够进入真正的高层空间，所以耗散结构的微观解释仍然是一种表象的解释，所以它不能看到能量背后的东西，也就只好把新的组织结构当作是无源的“自组织”了。另外，耗散结构理论没有好坏能量之分的认识，所以也就认识不到能量背后的目地或意识。因为这个局限，所以我们在耗散结构理论中还是可以隐约感到达尔文主义的痕迹，把结构的产生或演化归于自然的结果而不是某种意志的创造。
第五，是关于对开放系统的认识。这种开放是在同一个物质空间、物质层次上的开放，即同层内的系统开放，还是跨越不同物质层次或者空间层次之间的跨层系统开放？由于耗散结构理论的认识仍然是停留在物质的表层空间，所以它看不到这些跨层次之间的物质与能量交换，看不见来源于高能量层次的真正的微观物质，更看不到非物质的能量形式的交换，也就看不见那些带有意识与精神的东西的本质。因此在这方面耗散结构理论所揭示的仍然是一种必要条件，而不是充分条件，它还是没有能够触及到真正的本质。
第六，由于前面所列举的这些原因，耗散结构理论对非线性的认识也还停留在物质表层，停留在表象规律上，而缺乏对非线性机制的本质认识，因为它缺乏对非物质性力量和要素的认知。
耗散结构理论实际上只看到了“生”的物质层面的机制，包括其“微观”解释，但是物质层面的机制并不是“生”的机制的全部，甚至不是“生”的机制的本质，或者仅仅是“生”的机制在物质层面的一种表象而已。其实，以上所有这些关于耗散结构理论的问题全部都是相关联的，一旦我们突破物质表层空间的认识局限，一旦能够触摸到精神存在的能量属性，那么我们的认知就会全部突破，达到一种全新的认知。这就是我们要在“水结晶实验”的分析中要给大家所揭示的。(待续)
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