随着基督教教堂的增多，美人鱼的神话发生了巨大的变化。
历史上异教徒崇拜的神遭受抑制的时期，美人鱼和其它一些非自然生命并没有被当作日益兴盛的基督教信仰的威胁。基于两种原因，一些作家甚至相信教堂信仰美人鱼的神话。首先美人鱼被当作罪的象征，我们熟知的女妖精的标志就是源于这种想法；其次是大量古代和当代作家关于美人鱼存在的作品把这种信仰加入了在教堂发现的美人鱼中。
在中世纪，美人鱼手拿梳子及小镜子似乎是最早的标记。这代表了一种能摧毁男人意志的女性的美。至此美人鱼神话改变了几乎神一般的地位以及不吉利女妖的印象，只存在一些美学价值。
中古时代早期的动物寓言有女妖而不是美人鱼。由于这两种生物被大众混淆了，因此动物寓言集的作家也分不清二者，通常描述女妖长着美人鱼的尾巴。美人鱼在寓言Physiologus及随后的作品中非常有名。人们都相信美人鱼的存在，即使学者也不例外。
1403年，在西弗里斯兰省，暴风雨过后，泥泞中发现了一个束手无策的美人鱼。人们把她带回去，给她穿衣服，喂她吃饭。据说她活了15年，期间多次试图逃走；人们教她在十字架前下跪，可她一直不会说话。
拉斐尔在他的旧约圣经《历代记》中写道：在约翰或亨利二世统治时期，渔夫捉到一条人形鱼，他不会讲话，生鱼熟鱼都吃，两个月后逃回海里去了。1800年后就有了有关的图片记载。
在文学作品中，美人鱼是女子的代号，而非生物的名称。美人鱼成了一种比喻。乔叟在诗歌里把她比喻成优雅的学者风度。莎士比亚在《过失的喜剧》在中写道：
啊，可爱的美人鱼，不要用你的音符，
把我淹没在妹妹你的泪水里：
唱吧，仙女，为了你，为了宠宠我自己。
在莎士比亚戏剧《仲夏夜之梦之二》里，欧巴仁梦里的美人鱼不再用作比喻，也不在舞台上出现：
一次我高高地坐着，
听见一个美人鱼在海豚的背上，
吐出如此悦耳动听的声息，
在她的歌声里，粗鲁的大海也变得彬彬有礼，
一些星星急切地从天际射来，
为了倾听大海公主的音乐。
约翰在他质疑妇女忠贞的《歌》里把美人鱼看作神话人物多过寻找他认为妇女应有的忠贞。他写道：
神，捉住那坠落的星，
……
教导我要么倾听美人鱼歌唱，
要么让嫉妒刺痛我的心。(待续)@*
