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【大紀元3月21日訊】依據「奉天」、「當陽」兩專案已揭露的資料，前總統李登輝曾利用這兩項專案的款項進行多項專題研究，但這些研究報告在政權轉移時，都未交接下來，陳水扁總統利用一年的時間，才陸陸續續從各參與人員手中，收集資料，歸檔建冊。
據中時電子報3月21日報導，至於陳水扁總統昨天首度以嚴厲的口氣批評國安體系出現漏洞，是否是對遲遲無法掌握軍情系統的不滿，總統核心幕僚表示，軍方的忠誠的確是政權轉移後，一個棘手又不足為外人道的問題，該幕僚承認，直到現在處理軍情單位對國家的忠誠，仍是一個很難的問題，只是外界感受不到罷了。
接近陳總統的幕僚指出，軍方經過五十多年黨國合一的訓練，政權轉移後，黨國被區隔開來，許多人一時間不知為誰而戰，為何而戰，因此在政權轉移過程，總統為穩定軍心所做的努力與感受真是點滴在心。
總統幕僚不諱言，軍方的內部管控的確出現問題，否則不可能出現劉冠軍案，這也是政權輪替過程，不能見光的部分被攤在世人面前，但不論是忠誠與內部管理都不是一時間可以解決，雖然前段時間進行過一波人事更替，但確定軍情中立化，還是一個持久的工作。
總統幕僚表示，目前總統處理軍情單位就是讓之中立化，不再讓政治、黨派問題涉入軍情單位，以免再度造成軍情人員觀念混淆，當軍情單位能獨立於政治之外，才能建立對國家忠誠而非對某一黨、某一人的忠誠觀念。
對於陳水扁總統在世紀首航中曾提到「掌握國家安全最重要的國安會，在移交時竟然連一份會議紀錄的檔案都沒有，我們完全不知道過去國安會做了什麼」。消息人士表示，其實不只是國安會會議資料，連李前總統交代的研究如兩國論的「中華民國主權方案」，都不在國安會的檔案中。
據指出，使用國家資源進行的各項研究其資料與檔案都應屬於國有，所有的情資都應該隨著職務交替而移轉，但政權輪替過程中，卻發現這些重要的資料與檔案都淪為私有化，政府檔案室沒有資料，皆是由個人所有，與劉冠軍私存機密檔案，完全缺乏政治倫理如出一轍。
總統府幕僚表示，陳水扁上台後，一一循線向參與研究的人員索取，才逐步整理這些資料歸檔建冊，未來希望繼任者從檔案中能了解總統的種種作為。
除了李前總統交代研究的資料未隨政權轉移移交外，李前總統的個人資料都是全部搬走，連過去的照片與錄影帶都帶離開總統府，總統府內完全沒有留存李前總統的個人資料。
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