一九八八年，全国政协再次组织三峡考察团，这次参加的全国政协委员有一百二十八人，团长是政协副主席周培源。全国政协中，对三峡工程持不同意见的代表人物除周培源、孙越崎外，还有如：原国家计委副主任林华、原中国银行副行长乔培新、原交通部副部长彭德、原商业部副部长王兴让、原国家水利部长远规划处副处长、总工程师陆钦侃等人。政协委员来自各方，且不少都是专家，全国政协的优势即在于，委员们各方知识的有机组合，得以对三峡工程做出全面和公正的评价。
“不说实话”？
全国政协副主席周培源，物理学家，早年留学美国和德国，曾师从著名科学家爱因斯坦，其后在事业上也颇有建树，担任北京大学校长、中国科协主席等职务。在这之前，周培源一直和党中央保持高度一致，统一思想，统一行动。可是，在三峡工程决策问题上，他选择以自己的眼睛、自己的头脑去观看事物、思考问题。
周培源从解剖自己开始：为什么在五十年代，是个长江三峡工程积极的支持者，但到了八十年代，却站到对立面去了？当时是从狭隘的爱国主义出发：“我在五十年代曾是三峡工程上马的积极分子，那时主要是看了我们自己选的三斗坪花岗岩坝址，比过去萨凡奇所选的南津关石灰岩坝址要好的多，其他方面未作研究。近几年来，因多看了些材料，多作了些了解，特别是政协经济建设组作了详细而切实的调查，使我认识上有了很大转变。我觉得这个问题关系国家千年大计，必须慎之又慎。”（周培源，一九八七年五月十六日）
周培源通过亲身的经历，发现搞三峡工程的人不说实话。他回忆说：“有一次我乘船过葛洲坝船闸，葛洲坝的一位同志陪我，我问他：‘过船闸要多长时间？’他们说：‘四十五分钟。’我上驾驶台，又问船长，他说：‘一般要四个小时。’因为通常要待船把闸填满后一起过。我们政协委员会坐的船，当然到了就过闸。所以他们说话，总要和实际差别很大。”
“我们怎么放心把三峡工程交给那样说话办事不诚实的人呢？”周培源先生还说：“他们的一些作法，很不科学，很不老实，如工程预算，对外讲三百个亿，内部讲三百六十一个亿，少说六十一个亿，这决不是粗心。为了上马，他们有意把投资说小，以后超出了，可以说是别的什么原因，不是自己的原因。”搞三峡工程的人不说实话，这真是一针见血。周培源多次给中共中央领导写信，建议推迟对三峡工程的决策。
一九八九年天安门事件前，戴晴女士编辑出版了《长江，长江》一书，被公认为向中央决策层叫号，为该书作序的正是周培源。天安门事件后，周培源未对三峡工程公开发表意见。一九九○年七月十三日，江泽民和李鹏在接见参加三峡工程论证汇报会的代表后，设宴招待与会的民主人士，周培源在饭桌上，提到三峡工程一些问题还未研究透，再次劝阻中央决策层，不要贸然行事。一九九四年，周培源去世，丧事十分简单，在官方的生平介绍中，不提这位紧跟共产党几十年，到晚年选择返璞归真，在三峡工程上与共产党分道扬镳的科学家的活动轨迹。
政治问题
对于三峡工程，全国政协不和党中央、国务院保持一致，这在政协历史上还是头一回。一九八六年赵紫阳向邓小平汇报：“看了三峡后认为有三个问题：技术、经济、政治。技术经济问题都可以解决，难办的是政治问题。一些反对的同志，并不是这个方面的专家，有的主要是对共产党有意见。如果将来人大审议时，有三分之一弃权或反对，就成了政治问题。”邓小平的回答说：“上有政治问题，不上也有政治问题，不上的政治问题更大。”注：参见〈邓小平与三峡工程〉，《炎黄春秋》九四年第三期。
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