三月五日，新會期立法院財政委員會首度召開會議，內閣改組后掀起一陣余波。財政部長顏慶章与民進党新潮流系的互動關系，成為立委關注的焦點。民進党籍立委林文郎甚至語出惊人地表示，同党的新潮流系動作越來越大，已通過一家公關公司，調查并全面掌控財政部下屬各單位高層負責人的可能動向，并有意運作屬意人選進駐，他建議顏慶章要頂住壓力，并以專業考量選派合适的官股代表人選。
据中時電子報報單，顏慶章在答詢時指出，他個人完全沒有感受到民進党新潮流系對他刻意打壓，而他也繼續在內閣中任職，部內三位次長及大型行庫的董事長、總經理，短期內不會進行職務調整，但長期而言，配合金融机构合并案的推動，有關負責人職務會适度調動。
林文郎在質詢時還說，新潮流系對顏慶章一直很有意見，想要他下台，目前位置雖然穩住，但弄不好，大型行庫的董事長、總經理，不久之后就要大風吹，許多位置都要和新潮流妥協，指派他們所屬意的人選。他還透露，新潮流系的立委洪奇昌，很想當財政部長，但因為總統陳水扁有疑慮，所以才沒當成。
新潮流系的立委簡錫則利用質詢的机會表示，外傳新潮流要拉顏慶章下台，但他認為沒有這回事，新潮流系對事不對人，只是對財政部長動用國安基金、四大基金，進場對股市護盤的作法，認為并不适當，并非對顏慶章個人有意見，這一點，他要予以澄清。
簡錫也要求顏慶章明确表態，財政部絕不會介入三月底的券商公會理事長改選，顏慶章對此回應說，券商公會是一個跟証期會互動相當密切的机构，是個很特殊的民間團体，許多政策，需要公會配合推動，因此，一如財政部作為許多行庫的大股東，需要慎選适合的代表代理經營一樣，財政部也會透過各銀行信托部的公股代表，支持特定的對象。
在回答立委朱立倫、李先仁等的質詢時，顏慶章也說，他個人并沒有感受到新潮流系對他特別有意見，但如果因此聯想到近期內，財政部的主管或大型行庫的負責人，將因此大幅更換，那是不對的。
針對民進党立委林文郎自爆「新潮流系要拉財政部長顏慶章下台」內幕，民進党秘書長、新系領導人吳乃仁昨天并未正面回應，僅強調新潮流系是君子，很多事為了保護當事人，不會在外亂講，但外界并不知道「新系召集人洪奇昌与其他成員曾經推掉多少職位」，因此他呼吁放話者「最好到立法院外面來講，不要躲在立法院內講」。
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