到日本自助旅遊，一般的花費預算除了食宿之外，最大的支出應該是交通費了。常用的交通工具有飛機、鐵路電車、長途巴士、路線巴士以及地鐵，另外日本的離岸小島也有不少各具本土風味，遊艇也可能會加入旅遊的工具行列。如果你想用一趟出國的機會玩個夠本，那麼在機票或車票上下功夫就是一般的功課了。
在日本如果旅遊路線漸行漸遠，不知不覺間交通費就會非常驚人。以遊兩京的行程為例──傳統的京都、現代的東京，如果你搭乘JR（日本國鐵）的新幹線二個半小時可到達（有點像從台北到彰化的感覺），單程自由席未指定座位花費約一萬三千圓日幣，指定席還要再加錢（台北到彰化大約可以坐近十趟「自強號」了）；搭一般自由席快車的話價錢約八千日圓可以省三分之一強，但自由席像坐電聯車，有沒有座位需看運氣，而且時間最快要花費八小時四十分，中途要換車三次；然而搭飛機的話，反而要花四小時。
京都沒有機場，從離京都最近的大阪機場搭飛機的話，飛行時間約一個半小時（京都到大阪快車一小時，新幹線半小時，外加市區機場間的時間），單程的機票接近二萬三千圓日幣比新幹線一萬三千圓貴。但如果你在台灣購買日本國的航空公司國際段加國內段的套票，或是同一家航空公司多點進出加上旅館組合的自由行機票的話，一段大約只要三千元台幣，比起新幹線還要省。
新幹線也有發行一般自助旅遊熱愛者熟知的「周遊券」，以票期是連續七天的無指定席周遊券為例，價格大約是八千四百元台幣。用這張日本周遊券周遊日本當然是大賺了，不過為了充分利用這張日本周遊券而在上車下車匆促的行程中，你對日本的旅遊印象大概只能用「到此一遊」來形容，根本無法深入的體會、細緻的玩味了。
所以一般說來要到交通費用昂貴的日本旅遊，不比到歐洲旅遊，出國前要購買日本國鐵周遊券時，還是要搭配自己的旅行計畫妥善規劃，才有「賺到」交通費的機會（切記不比歐洲鐵路PASS可以把火車車廂當旅館，在日本的JR上根本不可能賺到住宿費），否則恐怕得不償失。而且日本的旅遊景點除了JR，還要搭配路線巴士或地鐵或空中纜車等交通工具，日本區域巴士的費用也可用昂貴來形容，並不是買了JR周遊券就可以一切OK的。
日本有本州、九州、四國、北海道四個較大的島，兩京都在「本州」，從地圖上看來也相距不遠，有點像是鄰居，搭乘大家熟知的新幹線花費已經相當驚人，搭乘巴士也要花上整整一個晚上的時間。如果景點之間路途遙遠，那麼搭乘飛機可能是比較輕鬆、便宜的選擇，但是有的地區像京都沒有國內機場，而且在日本買國內機票絕對不便宜，切記要在出國前先規劃路線、預訂好機票，否則會讓你荷包失血。新幹線雖然也有臥舖車，但是非常稀少，只有在日間一天到不了的路線上才有，而且價錢昂貴，比中途住宿旅館還貴，除非要體驗搭乘新幹線臥舖車的經驗，否則在預算控管上絕對是不經濟的作法。@(http://www.dajiyuan.com)
