【大紀元1月18日報導】（中央社記者黃自強台北十八日電）三一九槍擊事件真相調查特別委員會調查報告出爐，雖然調查報告認為三一九槍擊事件動機可合理推斷為「操作選舉」，建議罷免總統等結論，但既然大法官會議已依法定程序做出第五八五號解釋文，宣告部分條文違憲，真調會應遵守釋憲文意旨，才符合法治精神。
司法院表示，真調會條例是立法院為行使調查權調查三一九槍擊事件所專案設置的特別立法，因此真調會所行使的公權力屬於「立法權」範圍，真調會組織權及性質，相當於立法院行使調查權的「特別委員會」，立法院可制定真調會條例設立真調會，但有一定憲法上限制。
因此，從大法官解釋意旨，真調會行使調查權，必須以法律就調查權發動、調查事項範圍、各項調查方式應遵守的程序及司法救濟做適當規範，並須尊重同受憲法保障的國家機關獨立行使職權，不能違反民主原則、權力分立與制衡，以及正當法律程序等原則。
值得注意的是，真調會條例中大多數條文，尤其是最受法界質疑的第八條部分，由於涉及刑事責任調查，使真調會不受國家機密保護法及刑事訴訟法限制，而受請求調查的機關，也不得以涉及隱私、機密為由拒絕，結果引起廣大討論，也被學界認為是「先天不足，後天失調」的憲政怪物。
不過，即使大法官會議已為真調會條例釋憲案做出明白而清楚的解釋文，真調會仍認為依行為科學理論，正常人行為必有動機，因此三一九槍擊事件動機應為「操作選舉」。
對於真調會的調查報告，許多實務界的資深律師均不以為然，前中華民國律師公會全國聯合會理事長楊思勤認為，真調會為什麼不等立法院完成真調會條例修正後再提出報告，也才比較具有法律程序正當性。
銘傳大學助理教授陳耀祥更以「一篇荒謬草率的畢業論文」形容此次真調會提出的調查報告，並認為真調會本身應守法，才能讓人民信服；他更認為「憑一些政治支持者提供的消息、線索或媒體報導，就匆促地作成是『操作選舉』結論」，實在非常荒謬。
另外，就報告中提及要立法院罷免總統部分，台北大學法律系教授陳慈陽則認為根本搞錯了對象，根據總統副總統選舉罷免法第七十條但書規定「正副總統就職未滿一年者，不得罷免」；部分不願具名的司法官員表示，這種建議如同一種政治動作，對台灣今後的民主化發展並沒有任何助益。
司法官員指出，大法官會議透過二度的言詞辯論程序，就是希望經由正反學者專家意見，公開並透明的陳述意見，充分進行立場表述，也是一場精采的學理論戰，包括聲請人相關機關均應遵守此一體制內的遊戲規則，才是民主政治發展的常軌。
對於法律學者與實務界律師質疑真調會報告動機之際，包括總統府與行政院方面也認為調查報告是少數人在無事實基礎下，由政治動機出發，所做的荒謬推斷，尤其調查報告推翻刑事局專案小組、李昌鈺博士鑑識報告，在沒有掌握科學證據等情形下，以想當然爾推測結果，也著實難以讓人信服。
