唐朝大中年間（847－859年），日本僧人慧鍔在五台山請得一尊觀音像回國。在歸國途中，船隻突遇風浪，並出現鐵蓮花阻止前行。慧鍔在向上天祈禱後，明曉觀音像不肯離開中國，遂在海中的島嶼普陀山白華頂南、嶺鷲峰下建院，供奉觀音像，時人稱之為「不肯去觀音院」。
五代十國時的梁貞明年間（915－920年），「不肯去觀音院」擴建為寺。宋時先後更名為「五台圓光寺」、「寶陀觀音寺」，進入發展的鼎盛時期。明洪武十九年（1421年）和明孝宗嘉慶年間（1522－1566年），寺院兩度被毀。在明神宗萬曆三十三年（1605年），寶陀觀音寺被重新修葺和擴建，皇帝親賜「護國永壽普陀禪寺」的匾額。寺院規模在中國東南一帶居於首位。
清康熙八年（1669年），寺院再次毀於荷蘭殖民者之手，康熙三十八年（1699年）再度修繕，並賜額「普濟群靈」，自此開始稱為「普濟禪寺」。相信佛法的雍正皇帝在其當政的第九年，下令擴建了殿堂及用房。寺院規模之大，前所未有。
現存的普濟寺佔地三萬七千多平方米，共有十殿、十二樓、七堂、七軒計231間，建築面積為11400平方米。
在普濟寺前有一個建於明朝、面積約為15畝的蓮花池，名為「海印池」或「放生池」。池上建有三座橋，中間的一座橋北接普濟寺正門，南接御碑亭。御碑亭中有雍正皇帝書寫的御碑一方，記載了普陀山的歷史。海印池旁還立有元朝時修建的「多寶塔」，高32米，共六層。上面三層塔身，每面都刻有一尊呈跏趺坐式的佛像，十分生動。
普濟寺山門也很有特點。它是一個石牌坊，四柱三門，高約20米。坊內北側樹著一個石牌，上書「文武官員軍民人等到此下馬」，以表達對觀音菩薩的尊敬。山門東側是鐘樓，西側有鼓樓。每天清晨撞鐘，傍晚擊鼓，即「晨鐘暮鼓」。
進入山門，首先來到的是天王殿。大殿面寬五間，進深四間，重簷歇山頂。殿中供奉的是光首、笑臉、袒胸、盤膝、一手拿一支布袋的彌勒佛。天王殿後是八株茂盛的香樟樹。
普濟寺的主殿是大圓通殿，供奉的是觀音菩薩。「圓通」是觀音菩薩的別號。殿面寬七間，進深六間，重簷歇山頂，黃琉璃頂，九踩斗拱，十分雄偉莊嚴。大殿正中端坐著高達8.8米的觀音菩薩像，她通體呈金黃色，臉上透露出的是慈祥、安寧的笑容。在其像兩側，分別站立著善財和龍女；東西兩壁則矗立著16尊不同服飾、不同形態的菩薩，稱「觀音三十二應身」，即觀音以不同身份教化世人時的現身說法形象。這種雕塑方法是觀音道場的獨特之處。
普濟寺後灣還有真歇庵遺址，是開山祖師真歇和尚修行之處。此外，普濟寺後的「慈雲石」狀如寶鳥，也是世間罕見。
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