一九八七年五月，周培源为田方等人编著的《论三峡工程的宏观决策》撰写了序言：“回顾这一段历史，三峡工程所以长期上不了，看来主要问题在于仅就三峡论三峡，而没有从长江流域
干支流总体规划，并结合国民经济发展的要求和国家实力的可能性，从经济发展战略上来考虑问题……我们坚决拥护党中央和国务院对三峡工程要重新进行论证的英明决定。但论证的主题不应是就三峡论三峡、单独论证三峡工程蓄水位元一百五十米或坝高一百八十五米的问题；而应是论证先开发支流或其他优选方案，还是先建三峡工程，以及这一超大型工程是否符合社会主义初级阶段的经济发展战略等宏观决策问题……过去的教训，是千万不要急于求成，主管部门尤其不能主观地追求兴建一座超世界水准。(注)：周培源是当年三峡工程研究的负责人。
巨型工程而闻名于世。否则欲速不达，适得其反。再说一句：如果不经过各个方面的反复论证，没有充份的科学依据，就仓促上马，势必后患无穷，后悔不及！”
一九八八年十一月九日，周培源上书中共领导人：“且不谈三峡工程技术上的问题是否已经全部解决，即使决定立刻上马，由于它投资大，工期长，见效慢，十几年内只投入不产出，对于翻两番的目标，也不能起推动作用。甚至可以说，由于它占用大量资金，挤掉了其他本来可以上马的项目，反倒会拖翻两番的后腿……我觉得，决定三峡工程是快上还是缓上，除了一些具体的技术上的问题需要进一步研究外，主要因素是我国的财政承受能力问题。在我国目前的财力物力条件下，特别在物价，工资改革的关键阶段，上马三峡工程这一特大建设专案是不适宜的，如果硬要上马，势必通货膨胀，加剧经济动荡，影响党的十一届三中全会战略决策的实现，还会对人民群众形成心理上的冲击，以致于影响深化改革所必需的安定团结的政治局面，基于以上的考虑，我认为三峡工程快上不如缓上。等将来翻两番的任务实现，国家经济实力增强，科技水准提高了，那时再来考虑三峡工程的修建问题。”周培源把财政承受能力作为三峡工程缓上的主要因素，成为日后三峡工程缓建派受到主上派攻击的致命薄弱点。
一九八九年六四之后，戴晴作为六四的“幕后黑手”被抓入监狱，戴晴主编的《长江，长江》被禁，三峡工程反对派因此受到牵连，无法发出声音。一九九○年七月十三日，江泽民、李鹏接见参见三峡工程论证汇报会的代表，周培源也出席了这项活动。周培源直接向江泽民、李鹏提出三峡工程有些问题还是没有研究透，比如：人防是否安全，建议中共中央推迟三峡工程的决策。
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