一九八七年五月，周培源為田方等人編著的《論三峽工程的宏觀決策》撰寫了序言：「回顧這一段歷史，三峽工程所以長期上不了，看來主要問題在於僅就三峽論三峽，而沒有從長江流域
幹支流總體規劃，並結合國民經濟發展的要求和國家實力的可能性，從經濟發展戰略上來考慮問題……我們堅決擁護黨中央和國務院對三峽工程要重新進行論證的英明決定。但論證的主題不應是就三峽論三峽、單獨論證三峽工程蓄水位元一百五十米或壩高一百八十五米的問題；而應是論證先開發支流或其他優選方案，還是先建三峽工程，以及這一超大型工程是否符合社會主義初級階段的經濟發展戰略等宏觀決策問題……過去的教訓，是千萬不要急於求成，主管部門尤其不能主觀地追求興建一座超世界水準。(註)：周培源是當年三峽工程研究的負責人。
巨型工程而聞名於世。否則欲速不達，適得其反。再說一句：如果不經過各個方面的反覆論證，沒有充份的科學依據，就倉促上馬，勢必後患無窮，後悔不及！」
一九八八年十一月九日，周培源上書中共領導人：「且不談三峽工程技術上的問題是否已經全部解決，即使決定立刻上馬，由於它投資大，工期長，見效慢，十幾年內只投入不產出，對於翻兩番的目標，也不能起推動作用。甚至可以說，由於它占用大量資金，擠掉了其他本來可以上馬的項目，反倒會拖翻兩番的後腿……我覺得，決定三峽工程是快上還是緩上，除了一些具體的技術上的問題需要進一步研究外，主要因素是我國的財政承受能力問題。在我國目前的財力物力條件下，特別在物價，工資改革的關鍵階段，上馬三峽工程這一特大建設專案是不適宜的，如果硬要上馬，勢必通貨膨脹，加劇經濟動盪，影響黨的十一屆三中全會戰略決策的實現，還會對人民群眾形成心理上的衝擊，以致於影響深化改革所必需的安定團結的政治局面，基於以上的考慮，我認為三峽工程快上不如緩上。等將來翻兩番的任務實現，國家經濟實力增強，科技水準提高了，那時再來考慮三峽工程的修建問題。」周培源把財政承受能力作為三峽工程緩上的主要因素，成為日後三峽工程緩建派受到主上派攻擊的致命薄弱點。
一九八九年六四之後，戴晴作為六四的「幕後黑手」被抓入監獄，戴晴主編的《長江，長江》被禁，三峽工程反對派因此受到牽連，無法發出聲音。一九九○年七月十三日，江澤民、李鵬接見參見三峽工程論證彙報會的代表，周培源也出席了這項活動。周培源直接向江澤民、李鵬提出三峽工程有些問題還是沒有研究透，比如：人防是否安全，建議中共中央推遲三峽工程的決策。
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