针对三峡工程建设能促进库区柑桔发展的观点，侯学煜提出相反的论据。三峡工程主上派把三峡工程农村移民安置，寄托在柑桔发展上，认为水库的形成会使冬季绝对最低温度提高，对柑桔越冬有利，并可以扩大栽种面积。
对此，侯学煜指出，三峡水库所要淹没的几十万亩土地，是沿河阶地上肥料较高的冲积土，含磷量丰富，举世无双，土地资源损失十分严重。在坡度上开垦，只会加大水土流失，后果不堪设想，而且开垦的坡地土层浅薄，肥力低下。另外由于三峡大坝高一百八十米，柑桔园被迫迁移到海拔更高的地区，由于气温是随着海拔高度的增加而降低，对柑桔的生长和越冬都不利。说三峡工程建设能促进库区柑桔的发展，难以令人理解。
关于泥沙淤积问题，侯学煜首先对长江水利委员会提出的论点──长江三峡段的泥沙量在二十世纪五十年代以来没有发生变化──进行了批判。侯学煜说，现在上游各支流全年含有大量泥沙的浑浊河水，与五十年代冬季碧清河水，形成鲜明对照，此为一客观存在的事实。
因此，水库建成之后，突然冲刷不仅影响水库的寿命，且泥沙淤积抬高河床，对上游航运发生阻碍，乃是不可避免的。三峡工程给长江航运带来的好处，只不过是改变大坝以上三百公里的航运，但大坝距重庆六百公里，重庆以东三百公里因回水变动的泥沙淤积，纵使水库“放水拉沙”，也不会拉到涪陵、长寿、重庆等上游一带的河床泥沙，因而重庆有可能成为死港，其结果必然阻碍西南经济发展。
此外，侯学煜指出三峡工程将引起海水倒灌，太湖一带盐碱化，破坏鱼类资源，特别是特有鱼种有可能灭种。同时，水库建成，水流流速减小，自净能力减弱，库区水环境污染亦会加重。
侯学煜还进一步提出三峡地区综合地质灾害的理论，此部分将于后文再述。
注：退垦还湖，中国政府片面强调粮食生产，把湖泊、湿地开垦为农田，破坏了自然生态系统，占据了水的空间，增加了洪水灾害，典型的例子便是对洞庭湖的围垦。一九九八年长江洪水之后，中国政府提出退垦还湖，就是放弃已经围垦的农田，恢复原有的湖泊、湿地。
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