徐靈胎勤於著述，生平著作頗多，主要來自他的醫學評論和在評論中闡發的自己的觀點。清初的醫家喜歡採用劉河間、朱丹溪、李東垣、張景岳等醫家的論述，結合臨床、發揮己見。徐靈胎卻主張，「言必本於聖經，治必遵乎古法」，醫學研究要從源到流，先得熟讀《黃帝內經》、《神農本草》、《傷寒論》、《金匱要略》等古代典籍，以為根本；再博覽《千金要方》、《外台秘要》等書目，取長補短、以廣見聞。他認為，讀他人醫書發表議論，得搞清其所以然，再經過長期臨床實踐的檢驗，使理論聯繫實際，才不至於落入偏見、誤入歧途。
他寫的第一部醫著是《難經經釋》，自言「學醫必先明臟腑經脈也，故作《難經經釋》二卷」。本書主要闡明臟腑經絡的生理功能，運用《黃帝內經》的基本理論來解釋《難經》的「八十難」條文，其中有許多精闢獨到的見解，對學習《難經》、《內經》都有較高的參考價值，對臨床實踐也有幫助和指導作用。
第二部是《神農本草經百種錄》，自言「藥性必當其真也，故作《神農本草經百種錄》一卷」。本書從《神農本草經》中選取一百種藥物，依其形色、氣味辨析藥性，結合醫理闡發各種藥物的作用。
《醫學源流論》三卷，講「治病必有其所以然之理，而後世以其傳也」，是徐靈胎的代表作。書中通過各種論說，反映了當時醫界的種種弊端以及自已鮮明的學術觀點，說理精闢、頗多創見，其中某些篇章，如《用藥如用兵論》，被後人視為絕妙之作。
《傷寒論類方》一卷是針對《傷寒論》的註解「顛倒錯亂，注家各私其說，而無定論」的情況而寫的。本書將傷寒論中一百一十三方分為十二類：桂枝湯類方、麻黃湯類方、柴胡湯類似方、承氣湯類方、四逆湯類方、雜方等等。各類有主方、各方中列述有關湯方證治條文。這樣以方類證，便於學習和應用，對後世學習《傷寒論》的人有很大幫助和啟發，因而成為傷寒學派中以方類證的主流派，徐靈胎也成為傷寒學派中辨證流派的主要代表之一。
《蘭台軌範》八卷是針對「時醫不考病源，不辨病名，不知經方，不明法度」這種現狀而寫的。通過一生的醫學實踐和研求，他寫下這部頗有價值的醫論雜說。全書章節不多，只有一萬言，但義理精深、觀點鮮明，對醫家和病家都有明鑒的作用。
徐靈胎認為，「醫道之壞，壞於明之薛立齋，而呂氏刻《趙氏醫貫》專以六味、八味兩方治天下之病，貽害無窮也」，「故作《醫貫砭》二卷」。本書批評明代醫家趙獻可《醫貫》一書的學術觀點，指出當時盲目溫補的醫弊之源。清代許多醫家推崇此書，主張用六味地黃丸和八味腎氣丸通治百病。徐靈胎認為這樣做十分有害，會造成「殺人而人不知」的後果。無論是六味地黃丸還是八味腎氣丸，必須對症用藥，不可濫服。
他作《慎疾芻言》一卷，是因為「醫學流傳，邪說互出，殺人之為禍烈也」，帶有正本清源的性質。
《洄溪醫案》是徐靈胎的醫案專著，是由後人整理編次而成的。全書載各科醫案百餘例，記錄下了徐靈胎的部分行醫事跡和臨證經驗，對後學者有很好的啟發作用。
除以上八種外，尚有《內經詮釋》、《六經病解》、《脈訣啟司註釋》、《藥性切用》、《傷寒約編》、《雜病證治》、《女科指要》、《女科醫案》等書，亦題為徐靈胎撰。其中有的講中醫基本理論，有的講臨床，包括內、婦、五官各科的治法。後人將其著作輯為《徐氏醫學全書十六種》，流傳甚廣、影響極大。(待續)
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