因此，印第安人，包括一向同英國殖民者友好相處的“六族”印第安人都在騷動不安起來。1763年夏季，在親法的印第安人中爆發了一場被稱為“旁提亞克陰謀”的大範圍暴動。旁提亞克是渥太華族印第安人的首領。西部的印第安人向從底特律到皮特堡的長長的邊境線上的英國人發起進攻。底特律和皮特堡的守軍總算保住了這兩處邊防要塞，但是在5—6月期間，尼亞加拉以西的其他每處邊防軍隊全都遭到突襲和屠殺。
　　
其後，俄亥俄的各處堡壘也陷落了，像在數年前佈雷多克的英軍戰敗以後一樣，一股一股的印第安作戰人員蹂躪了東至坎伯蘭縣的賓夕法尼亞全境。一些邊地的英國殖民者開始武裝起來保衛自己的身家性命。在蘭卡斯特縣，一些帕克斯頓和多內戈爾城的蘇格蘭——愛爾蘭籍移民組織起來，自稱“帕克斯頓之子 ”，卻將怒火發洩到和平居住在賓州境內安分守己的印第安人身上。

一些這樣的印第安人，如在莫拉維亞派教徒保護下的伯利恒附近的印第安人，已安全遷徙到費城。但在12月裏，50多名“帕克斯頓之子”突然闖入蘭卡斯特附近康內斯多哥族印第安人的和平村莊，殺死了全部村民。11月起，州長約翰•潘兩次發佈公告懸賞捉拿這夥罪犯，可是毫無結果。
　　
對“帕克斯頓之子”屠殺和平的印第安居民一事，賓州居民持有不同看法。邊境各縣一向認為州政府拋棄了自己，州府之人對邊境安全既冷淡又自私，他們只好自己來處理邊防，而此時此刻則將這股宿怨用來同州府唱反調。如蘭卡斯特人就支援或諒解這些殺戮，使得這夥嗜血的暴徒從團夥發展為數百人的軍隊，竄犯到費城，叫囂要將莫拉維亞教派的印第安人斬盡殺絕，並口念聖經經文以為他們殘暴行徑塗上幾分正義的色彩；東部的長老會派教徒也傾向於贊同他們，還有那些正直的國教徒、仇視印第安人的暴民，而且有人懷疑到因產業所有權問題而仇視教友會教徒的賓及其參事會也有這種傾向。賓夕法尼亞境內的印第安人眼看要大難臨頭。
　　
在這種情勢下，佛蘭克林認為，無論“帕克斯頓之子”的行徑還可以是別的什麼，它首先是徹頭徹尾的暴行和殘殺。1764年1月，他用熱烈的感情和動人的筆調寫下了《近來蘭卡斯特縣屠殺印第安人的實錄》一文，在文中，他先用樸實無華的語言淋漓盡致地敍述了屠殺的經過，然後寫道：
　　
“有些人想為這種重大的罪行開脫，說是‘邊疆的居民因為他們的親屬在最近的這次戰爭中被敵對的印第安人殺害而激怒了’。這很可能。然而，儘管這可以給他們以正當理由進入叢林中去搜尋那些殺人者，並向他們復仇，但卻絕沒有使他們有理由轉身進入內地去謀殺他們的朋友。假如一名印第安人傷害了我，接下來我就可以向所有的印第安人報復嗎？眾所周知，印第安人有著部落、民族和語言上的區別，和白種人一樣。

在歐洲，如果法國人——他們是白種人——傷害了荷蘭人，荷蘭人就該因為英國人也是白種人而向他們報仇雪恨嗎？這些不幸的人的唯一罪過是他們生著紅棕色的皮膚和黑色的頭髮，而看來是這種人中的某些人殺害了我們的親屬。如果為這樣一個理由就可以去殺人，那麼，假若一個臉上有雀斑、頭髮是紅色的人殺了我的妻子或孩子，我就可以在以後殺死我在任何地方遇到的所有的有雀斑的紅發男人、婦女和兒童作為復仇。
　　
“這在歐洲是沒有教化的民族之所為。難道我們是到美洲來學習並實踐野蠻人的做法嗎？但是，即使作為野蠻人，他們也只對敵人才這樣幹，而不是對朋友。
　　
“生活在這樣一個時代，與這樣的人為鄰，他們真是不幸！”“簡而言之，事情似乎是，他們在已知世界的任何一個地區都會得到安全，除了在帕克斯頓和多內戈爾的基督教白種野蠻人的鄰近地區！”
　　
文章印成小冊子發表之後，暴徒們頓時名聲掃地。費城的大多數居民決心不讓莫拉維亞教派的印第安人遭到屠殺，也不讓城市被入侵。就在傳聞暴徒即將到來的一片恐慌之中，頭腦冷靜的佛蘭克林組織了又一個協會，自己第一個報名，數百市民跟著加入，拿起了武器。
　　
2月3日，州長召集議會，要求通過一項關於暴亂的議案，這在當天就完成了。8日，議長和15名議員碰了頭，又匆匆散會了。突然，有人報告說，有一些暴徒正殺氣騰騰地向城市逼近。全城都緊張起來。當天夜裏，州長親自來到佛蘭克林家中，後面緊跟著他的參事會參事們，來向佛蘭克林求教。不久，暴徒們在另一處渡口過了河，叫叫嚷嚷地來到距費城14或15公里的日爾曼城。在那裏，他們停下來了。佛蘭克林應州長的請求，只帶了3個人出城來見他們。
　　
佛蘭克林他們4個人臉上露著不惜一戰的無畏的神色，但對鬧事者仍曉之以理。他們心裏是緊張的：如果暴徒堅持要進入費城，費城人民即將面臨一場浴血廝殺。
　　
萬幸的是，一番唇舌之後，暴徒們轉身後退了。外表一直鎮定如常的佛蘭克林望著他們退去，松了一口氣，和同伴們回城去了。
　　
11日，暴徒們便散去了。
　　
3月14日，佛蘭克林在信中告訴了福瑟吉爾這番經歷，“在4個小時零20分鐘裏，你的老朋友是一名普通士兵、一名參事、某種意義上的獨裁者、一名派去與一群鄉村暴眾交涉的大使。一旦回了家，他就什麼都不是了。”
　　
這一事件，暴露了州長及其政府的庸懦無能，他們越來越遭到人民的蔑視。州長等人則加深了對佛蘭克林的忌恨。外患既經消除，議會和州長即業主之間的矛盾再一次激化，這一次，業主在賓州的統治開始動搖。
　　
暴亂平息以後，州議會通過了一項國民自衛隊議案和撥款議案，但馬上被州長約翰•賓否決了。其後，關於撥款的議案在議會和州長之間往返了一個月，仍不能達成一致。3月24日，議會將這一議案再次交給州長，並附上一張便條，那便條可能是佛蘭克林寫的，措辭強烈並帶有刺激性。同一天，議會決議休會，並決定上書英國國王，把賓夕法尼亞“轉歸他直接的保護和治理”。
　　
在休會期間，佛蘭克林撰寫並印刷了一本題為《關於我們公共事務目前形勢的冷靜思考》的小冊子，在4月12日夜裏散發到城裏各處。在小冊子裏，他提出了這樣的觀點：所有的業主統治者並非比其他的統治者更壞，在業主統治下的所有人民也不比在其他統治者之下的人民處境更壞；既然爭執由雙方引起，那麼雙方都有責任，其原因不在於人類思想的邪惡和自私，而應該在於憲法，在於業主政府的性質本身。
　　
這一小冊子的發表在費城的政界引起了軒然大波。
　　
當時，英國政府對北美殖民地的政策已經引起了殖民地人民普遍的不滿。1764年3月，英王的忠實朋友喬治•格蘭維爾宣佈了向殖民地徵稅和管理殖民地貿易的新法規，包括當時提出的印花稅議案。佛蘭克林自己也因之改變了對喬治三世的看法，從原來堅信“他那使人民幸福的真摯願望的美德和良知”變為發現殖民地人民的利益像“泥土在制陶者手中”一樣握在英國當局手中。但他那根深蒂固的殖民地和宗主國是個整體的觀念，使他看不清宗主國是在有意削弱殖民地的商業貿易和製造業以發展本國的工商業，殖民地和宗主國之間在經濟利益上有著根本的矛盾和衝突，也沒有發覺自己的思想已經落後於北美殖民地廣大人民的願望和要求，脫離了殖民地人民中正在升溫的革命情況。
　　
和他站在一起的是年輕的律師約瑟夫•加洛維。在佛蘭克林出使英國期間，加洛維多少代替了他在議會中的位置。此時，加洛維同佛蘭克林一樣，相信喬治三世“只懷有為人民謀利益的願望，他將委派一位州長，這位州長不受業主指示的制約，會自主地同議會一道，使健全的法律生效”。
　　
站在他們對立面上的反對派以另一位年輕律師約翰•迪金遜為首，他承認業主政府的不善，但認為沒有充分的理由去以為內閣將委派比業主的州長更好的州長。
　　
議會在5月間開會，真正的議題是向英王請願，要求英王直接統治賓夕法尼亞。這時，伊薩克•諾利斯辭去了他榮任14年之久的議長之職，佛蘭克林當即被不記名投票選舉通過繼任這一職務（5月26日）。於是，佛蘭克林以議長的身份簽署了他起草的請願書。其後，他主持了5月會期中剩下幾天的會議和9月的短期會議。10月1日的議會選舉臨近了。
　　
在競選中，迪金遜將他在5月辯論中的講話印成小冊子，上有威廉•史密斯寫的序言；加洛維則出版了他的小冊子，佛蘭克林為他寫了一篇長長的序言，主要是頌揚議會，抨擊議會的敵人。但是，在人們畫的漫畫中，報紙的批評中，人們尖銳的指責中，佛蘭克林成了主要的攻擊目標。
　　
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